Replication Data for: Palaeoecological signals remain robust at broad spatiotemporal scales despite artificial reductions in sampling power and geographical scope
Notice bibliographique
Résumé
This repository contains the data and code to replicate the results for 3.1, 3.2, or 3.3 in the paper titled "Palaeoecological signals remain robust at broad spatiotemporal scales despite artificial reductions in sampling power and geographical scope." It also contains the citations for the data used in the analysis. Project summary: Palaeoecological analyses rely on datasets that are comprised of collections or observations of fossil specimens. When palaeoecologists consider the scope of a novel project or research question, logistical constraints surrounding specimen acquisition are often a primary limiting factor. Despite this, some exceptional datasets exist that are both broad in spatiotemporal scope and densely sampled. One such dataset, consisting of 116,896 fossil brachiopods from central Nevada spanning from the beginning of the Early Devonian to the end of the Middle Devonian, is utilized by the present study as a model dataset to test the effects of logistically imposed restrictions on sample collection. Specifically, the present study tests whether palaeoecological signals (as represented in an NMDS ordination plot), and the processes that drive them, may be identified despite artificial reductions in spatiotemporal resolution and scope. These artificial reductions simulated two types of logistical sampling constraints: (1) limitations on the absolute number of samples collected, and (2) inability to travel to, and collect from, geographically separated regions. The primary palaeoecological signal identified in NMDS ordination plots of the entire dataset (255 samples) was identifiable more than >98% of the time with as few as 26 randomly selected samples, and NMDS ordinations of geographically restricted subsamples representing temporal intervals of >5 Ma were found to contain signals representative of the entire study area. Thus, it was possible to capture the primary signals corresponding to biodiversity shifts on broad scales with limited sampling power, and without extensively sampling outside of a single geographical region.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,020 | 0,162 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,002 |
| Communication savante | 0,005 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,343 | 0,209 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».