Additional file 1 of Leveraging structural and 2D-QSAR to investigate the role of functional group substitutions, conserved surface residues and desolvation in triggering the small molecule-induced dimerization of hPD-L1
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Figure S1. The 3D structure of a small molecule free PD-L1 dimer (a) and the comparison of backbone RMSD fluctuations in small molecule-bound and unbound systems during 75 ns long MD simulation (b). (a) In the 3D structure of the PD-L1 dimer shown as a cartoon representation, the chain A is shown in blue and chain B in Red. The region corresponding to the residues 33-42 and 93-105 in both the chains, where a physical restraint of 0.5 kcal/mol were applied, are shown in black color. (b) Analyses based on the evolution of backbone RMSDs of the bound (orange line) and unbound (blue line) systems indicated that the systems stabilized during the course of MD simulations. Figure S2. The 3D structures of small molecule-free PD-L1 dimers (in cartoon representation) showing the residues (stick representation) forming key H-bond interactions. The small molecule binding site (based on the small molecule bound PD-L1 dimer complex) is shown as a surface in white.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,816 | 0,121 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».