Additional file 1 of A novel C-terminal degron identified in bacterial aldehyde decarbonylases using directed evolution
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Figure S1. Whole cell lysis activity analysis of different mutants. M2 give the highest activity, which has a premature stop codon in the C-terminal region. WT wild type ADpm, M1–M9 different mutants. Figure S2. Comparison of ADpm and ADpm-9. a Specific activity of ADpm and ADpm-9. b Relative protein thermal stability estimated using SYPRO Orange dye. c Investigation of oligomeric state of ADpm and ADpm-9 using size exclusion chromatography. Figure S3. Comparison of C-terminal of ADpm and C-motif 1 [35] of protease trapped proteins. Figure S4. Modelling results of degron subtraction in three representative ADs from P. marinus (ADpm), N. punctiforme (ADnp) and S. elongates (ADse). a Thermostability and hexanal docking analysis of three ADs and their C-terminal truncations. (b–d) Examples of docking analysis in ADpm and ADpm-9. b ADpm, c ADpm-9, d Superimposed structures. Note, residues shown in red indicate the interact amino acids keep consistent in the truncated and wild-type ones. Figure S5. Effect of C-terminal His-tag on GFP degradation. C-terminal 6His-tag was added to GFP with conserved degron. Figure S6. Effects of AD degron elimination on fermentation. Headspace analysis of ADse (Red) and ADse-10 (Blue). U1–U7, unidentified peaks. Figure S7. Effects of AD degron elimination on cell growth. (a–d) Growth curves of ADse (black) and ADse-10 (red) in M9 medium containing different concentrations (0.5, 1, 2 and 10 g/L) of glucose. Table S1. Statistical analysis of amino acid usage frequency (%) at C-terminus in 371 bacterial ADs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,843 | 0,192 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».