Additional file 1 of Microbial dysbiosis and the host airway epithelial response: insights into HIV-associated COPD using multi’omics profiling
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1. Figure S1: Multi ‘omic integration study design. Figure S2: 16S RNA gene copies/μL measured in airway epithelial cells. Figure S3: Principal coordinate plot by smoking status. Figure S4: Plot showing potential interactive effects of COPD and HIV status on Shannon Index, Faith PD, Bray Curtis PC1, and Bray Curtis PC2. Figure S5: Shannon Diversity Index differences between the COPD and HIV groups after removing 4 COPD- subjects administered with inhaled corticosteroids from the analysis. Figure S6: Principal coordinate plot showing microbial community structures among subject groups based on the Bray-Curtis metric, after removing 4 COPD- subjects administered with inhaled corticosteroids from the analysis. Figure S7: 16S RNA gene copies/μL measured in bronchial brushings and control specimens of HIV+ subjects. Table S1 Relative taxa abundance comparisons at the phylum level between the COPD+ and COPD-,HIV+ and HIV-, andCOPD-HIV-, COPD-HIV+, COPD+HIV- and COPD+HIV+ groups in AEC samples. Table S2: Relative taxa abundance comparisons at the genus level between the COPD+ and COPD-, HIV+ and HIV-, and COPD-HIV-, COPD-HIV+, COPD+HIV- and COPD+HIV+ groups in AEC samples. Table S3: Pairwise PERMANOVA comparisons between the different specimen types obtained from HIV+ subjects.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,032 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,864 | 0,140 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».