Additional file 1 of TNFα secreted by glioma associated macrophages promotes endothelial activation and resistance against anti-angiogenic therapy
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1. Figure S1. RT-PCR angiogenesis array Human umbilical vein cells (HUVEC) were incubated with media alone (EBM) or conditioned medium (CM) from RAW264.7 macrophages stimulated with normal human astrocytes (Mφ-NHA) or GBM cell lines U87, U118, U251, A172 (Mφ-U87, Mφ-U118, Mφ-U251, Mφ-A172). mRNA was extracted and analyzed by an RT-PCR angiogenesis array. Results were normalized to RPL30 and ACTB. The relative quantity of significantly altered genes (> 2-fold relative to Mφ-NHA or Mφ-NSC) are shown. n = 3, mean ± max/min, 95% confidence interval. Figure S2. Non-Glioma associated macrophages do not activate ECs Medium alone (EBM) or CM from normal human astrocytes (Mφ-NHA), GBM cell line (Mφ-U87), renal cell adenocarcinoma cell line (Mφ-786-O), human non-small cell carcinoma cell line (Mφ-H1299), transformed Schwanoma cell line (Mφ-Hei193) or osteosarcoma cell line (Mφ-U2OS) were analyzed by a multi-analyte inflammatory ELISA array. Only the U87 GBM cell line induces upregulation of VCAM1, ICAM1, CXCL5 and CXCL10. n = 3, mean ± max/min, 95% confidence interval. *p < 0.05. Figure S3. RT-PCR angiogenesis array Human cerebral ECs (hCMEC/D3) were incubated with media alone (EBM) or conditioned medium (CM) from RAW264.7 macrophages stimulated with normal human astrocytes (Mφ-NHA) or GBM cell lines U87 (Mφ-U87). mRNA was extracted and analyzed by an RT-PCR angiogenesis array. Results were normalized to RPL30 and ACTB. The relative quantity of significantly altered genes are shown. n = 3, mean ± max/min, 95% confidence interval. Figure S4. VEGF RT-PCR assay Human umbilical vein cells (HUVEC) were incubated with media alone (EBM) or conditioned medium (CM) from RAW264.7 macrophages stimulated with normal mouse astrocytes (Mφ-NMA) or GL-261 cell lines (Mφ-GL261). mRNA was extracted and analyzed by an RT-PCR with VEGF gene. Results were normalized to RPL30 and ACTB. The relative quantity of VEGF is shown (n=3, mean ± max/min, 95% confidence interval). Figure S5. Expression of alpha 4 integrin in tumor microenvironment and on cells a) IHC with alpha 4 integrin has been performed on tumor sections from GL261 syngeneic mouse model treated with vehicle control or TNFα inhibitor, MP6-XT22. b) Flow cytometry analysis todetermine the expression of alpha 4 integrin on Raw264.7 cells and U973 cells as a positive control. Anti-Integrin alpha 4/CD49D antibody (ab202969) was diluted in 1:100 for both IHC and Flow cytometry. Alexa 488 donkey anti-rabbit secondary antibody (A32790) was diluted in 1:1000.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,030 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,902 | 0,176 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».