Additional file 3 of Large-diameter trees and deadwood correspond with belowground ectomycorrhizal fungal richness
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 3: Figure S1. The distribution of fungal sequence count for soil samples taken at the Utah Forest Dynamics Plot, Utah, USA. The red horizontal line denotes the 12,500 sequence cutoff used to rarefy the sequence abundances. Figure S2. The interpolated mineral soil nutrients at the Utah Forest Dynamics Plot, Utah, USA. Figure S3. A principal coordinate analysis (PCA) of soil nutrients at the Utah Forest Dynamics Plot, Utah, USA. Soil nutrients were interpolated across the plot and the values at 117 sampling locations were used for this PCA. Figure S4. The diameter at breast height (1.37 m; cm) for all tree species with > 10 individuals at the Utah Forest Dynamics Plot, Utah, USA. Figure S5. The distribution of (A) observed fungal amplicon sequence variants (ASVs) and (B) Shannon’s Alpha diversity for soil samples taken at the Utah Forest Dynamics Plot, Utah, USA. The red horizontal lines in each panel mark the mean value. Figure S6. The species accumulation curves for all fungal amplicon sequence variants (ASV) (a), ectomycorrhizal fungi (b), and saprotrophic fungi (c) at the Utah Forest Dynamics Plot, Utah, USA. Figure S7. A fitted variogram of the semi-variance of the depth of the LFH layer (litter + duff) from 295 measurements across the Utah Forest Dynamics Plot, UT, USA. Figure S8. The estimated age of the forest at the Utah Forest Dynamics Plot, Utah, USA. Tree age was estimated using kriging interpolation of 127 trees. Figure S9. The increase in mean square error (a) and partial dependence plots (b) from a random forest model assessing the influence of the nearest large (>40.2 cm diameter at breast height) tree species on total fungal species richness at the Utah Forest Dynamics Plot, Utah, USA. Figure S10. The increase in mean square error (a) and partial dependence plots (b) from a random forest model assessing the influence of the nearest large (>40.2 cm diameter at breast height) tree species on saprotrophic fungal species richness at the Utah Forest Dynamics Plot, Utah, USA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,023 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,885 | 0,211 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».