Metadata record for the article: Comparative survival analysis of multiparametric tests -when molecular tests disagree- A TEAM Pathology study
Notice bibliographique
Résumé
Summary This metadata record provides details of the data supporting the claims of the related article: “Comparative survival analysis of multiparametric tests -when molecular tests disagree- A TEAM Pathology study”. The related study developed a method to compare signatures using a combined quantitative mRNA array covering key molecular signatures, trained against the results of the same signatures measured by original methodology. Type of data: Nanostring data files Subject of data: Homo sapiens Sample size: 3811 Population characteristics: patients with centrally confirmed estrogen receptor positive (ER+ve) HER2 negative (HER2-ve) disease Recruitment: Patient samples were derived from the Tamoxifen Exemestane Adjuvant Multicenter (TEAM) Trial pathology study (Supplementary Table 1 of the related publication; NCT00279448/NCT0032126/NCT0036270, NTR267, UMIN C000000057) and included only hormone receptor positive, post-menopausal cancers. Data access The data generated and analysed as part of this study take the form of 3811 individual Nanostring data files (one per sample). These data represent part of a clinical trial and were used under license for the current study, therefore restrictions apply to their availability. The data are housed in institutional storage at The Ontario Institute for Cancer Research (OICR) and are not publicly available, but can be made available upon request subject to approval from the TEAM steering committee and after appropriate data sharing agreements have been completed. Requests for data access should be directed to the senior author (John Bartlett). Corresponding author(s) for this study John M.S. Bartlett, Diagnostic Development, Ontario Institute for Cancer Research, 661 University Avenue, Suite 510, Toronto, Ontario, M5G 0A3 Canada. jbartlett@oicr.on.ca. Study approval Patients provided informed consent and this study was approved by the University of Toronto REB (protocol number 29021).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,013 | 0,122 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,006 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,656 | 0,268 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».