Additional file 1 of Profound DNA methylomic differences between single- and multi-fraction alpha irradiations of lung fibroblasts
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1. Figure S1: Minus-Average plots illustrating the number of differentially methylated regions (DMRs) identified using various filters for statistical significance in α-irradiated fibroblasts. A DMRs detected in fibroblasts irradiated to single-fraction doses of α-particles. B DMRs detected in fibroblasts irradiated to multi-fraction doses of α-particles. Red, green, and gold dots indicate enriched regions with adjusted p value < 0.05, adjusted p value < 0.1, and raw p value <0.05, respectively. P values were adjusted for multiple testing using the false discovery rate method. Table S1: Parameters of the single-fraction α-irradiation using americium-241 sources in lung fibroblast cells. Table S2: Parameters of the 14-day multi-fraction α-irradiation equally delivered every 24 hours using americium-241 sources in lung fibroblast cells. Table S3: Number of differentially methylated regions (DMRs) in α-irradiated fibroblasts. The dose was delivered either as a singlefraction or equally distributed in 14 fractions (multi-fraction) with one fraction per day every 24 hours. The DMRs were generated using the MEDIPS package. The adjusted p values were computed using the false discovery rate (FDR) method. Table S4: Genes harboring the aging-associated differentially methylated regions (DMRs) in the α-irradiated lung fibroblasts. The total dose was delivered either as a single-fraction (SF) or 14-d multi-fraction (MF) every 24 hours. These events are based on the epigenetic chronological DNAm clock from Horvath [33] and the biological DNAm clock from Levine, et al. [34]. HypoDMRs, hypomethylated DMRs; hyperDMRs, hypermethylated DMRs; chr, chromosome. Table S5: The list of all differentially methylated regions (DMRs) located within the promoter site of the genome and their associated genes identified in the lung fibroblasts irradiated to single-fraction (SF) doses of α-particles. HypoDMRs, hypomethylated DMRs; HyperDMRs, hypermethylated DMRs; chr, chromosome. Table S6: The list of all differentially methylated regions (DMRs) located within the promoter site of the genome and their associated genes identified in the lung fibroblasts irradiated to multi-fraction (MF) doses of α-particles. Each fraction was equally delivered every 24 hours for 14 days. HypoDMRs, hypomethylated DMRs; HyperDMRs, hypermethylated DMRs; chr, chromosome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,847 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».