Additional file 1 of Comparing complete organelle genomes of holoparasitic Christisonia kwangtungensis (Orabanchaceae) with its close relatives: how different are they?
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Figure S1. The plastid genome map of holoparasitic C. kwangtungensis. Genes labelled outside the outer circle are transcribed clockwise, while those inside are transcribed counterclockwise. Dashed area in the inner circle indicates the GC content of plastid genome. Figure S2. Comparison of plastid genome structure among non-parasite (L. philippehsis), hemi-parasite (S. asistica), and holoparasite (C. kwangtungensis). Green lines connect homologous plastid coding genes. Green dotted lines indicate pseudogenized regions. Regions without connecting lines indicate gene loss. Figure S3. The mitochondrial gene map of holoparasitic C. kwangtungensis. Genes labelled outside the outer circle are transcribed clockwise, while those inside are transcribed counterclockwise. Dashed area in the inner circle indicates the GC content of mitochondrial genome. Figure S4. Maximum likelihood phylogeny of rpl20 in the mitochondrial genome of C. kwangtungensis. The phylogenetic tree shows evidence of intracellular gene transfer. The clade length of trees represents the base substitution rate. Figure S5. Gene expression in the photosynthesis pathway observed in transcriptomes of ten species. Detected expressed genes are marked as green. Species in the same clade of C. kwangtungensis are in the red box. With courtesy of © www.genome.jp/kegg/kegg1.html. Figure S6. Gene expression in porphyrin and chlorophyll metabolism pathway observed in the transcriptome of C. kwangtungensis. Genes with detected expression are in the red boxes. The name and number of gene expression products were marked at each node. With courtesy of © www.genome.jp/kegg/kegg1.html. Figure S7. Mitochondrial gene content (core genes in blue and variable genes in yellow) of 21 species including C. kwangtungensis and A. indica. Retained genes are marked in white and lost genes are marked in black. Figure S8. Maximum likelihood phylogenetic tree of Orobanchaceae based on concatenated sequences of all coding genes present in the plastid genome of Lindenbergia philippensis. Table S1. Statistics of putative plastid transferred genes in mitochondrial genome of C. kwangtungensis. Potential donors, transfer types, fragment lengths, and bootstrap of all the putative plastid transferred genes on mitochondrial gnome of C. kwangtungensis. Table S2. Comparison of informative characters of the horizontally transferred fragment rpl20 of C. kwangtungensis and its related species. Table S3. Mitochondrial genome sequence of Lamiales used in this study. Table S4. Plastid genome sequence for plastid phylogeny used in this study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,830 | 0,160 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».