Additional file 1 of SARS-CoV-2 infection, vaccination, and antibody response trajectories in adults: a cohort study in Catalonia
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Table S1. Characteristics of participants with breakthrough infections, post-vaccination. Table S2. Allocation of vaccinated and non-vaccinated participants with evidence of infection according to the criterion of infection fulfilled. Table S3. Fold change (FC) (95% CI) in antibody levels within one year after infection estimated using two repeated samples among decayers. Estimates are based on linear mixed-effects models. Table S4. Spearman correlations for RBD antigen. All participants, n=1,076. Darker red=stronger association. Table S5. Cross tabulation between serostatus to RBD of Wuhan variant with the RBD of Alpha, Beta Gamma and Delta variants. Table S6. Characteristics of non-responders (seronagetive or with an undetermined status) to vaccination. Table S7. Association (fold change FC and 95% CI and p-values) between each determinant with log10 antibody leves in vaccinated people after adjusting each model for time since last vaccination and number of doses. Participants with any vaccination excluding Janssen (n=923). Table S8. P-values for comparisons related to Figs. 3 and 5 and Figure S6. Figure S1. Dates and density of positive viral detection tests, sampling in 2020 (1st serological assessment) and 2021 (2nd serological assessment) and receipt of 1st vaccine dose in the study population (n=1,076). Figure S2. Venn diagram illustrating overlap between sustainer groups of IgA or IgG antibodies against nucleoprotein and spike antigens, among all infected unvaccinated participants (n=64). Figure S3. Differences in IgG antibody responses against RBD between Wuhan, Alpha, Beta, Gamma and Delta variant among vaccinated people. All differences were statistically significant apart from Delta vs Wuhan (p=0.861) and Alpha vs Wuhan (p=0.051). Figure S4. Generalized additive models for associations of days since vaccination with antibody responses to the six isotype-antigen combinations in infected (red) and naïve (blue) participants after first or second dose in people vaccinated by Vaxzevria (a), Comirnaty (b) or Spikevax (c). Fitted lines after adjustment for participant’s age. Plus symbols (+) represent measured responses for a specific participant. Figure S5. Differences in antibody responses by infection and/or vaccination and number of doses in people vaccinated with Comirnaty (a), Spikevarx (b), Vaxzevria (c) of Janssen COVID-19 vaccine (d). Figure S6. Differences in IgM responses by infection and/or vaccination and number of doses. Table S8 presents corresponding p-values.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,588 | 0,041 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».