Additional file 1 of PCIP-seq: simultaneous sequencing of integrated viral genomes and their insertion sites with long reads
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Figure S1. Clonality pie charts in sheep and cattle. Figure S2. SNP validation by clone specific PCR. Figure S3. Distinguishing between real SNPs and technical artifacts. Figure S4. Hypermutation in BLV proviruses. Figure S5. Validation of BLV structural variants by clone specific PCR. Figure S6. SNPs and recombination in the HIV-1 cell line U1. Figure S7. Estimation of the efficiency of PCIP-seq. Figure S8. Examples of HIV-1 proviruses from patient 02006. Figure S9. Insertion site of ERV causing cholesterol deficiency in Holstein cattle. Figure S10. Validated BERVK2 identified via PCIP-seq. Figure S11. ERV BTA3_115.3 LTRs match APOB (BTA11_77.9) ERV. Figure S12. Validated enJSRV. Table S1. Comparing PCIP-seq to ligation mediated PCR and Illumina sequencing. Table S2. SNPs identified in each sample. Table S3. BLV structural variants identified by PCIP-seq. Table S4. HIV-1 patients’ clinical information. Table S5. BERVK2s identified in cattle by PCIP-seq. Table S6. enJSRVs identified in sheep by PCIP-seq. Table S7. HPV integration sites identified in patients HPV18_PX and HPV18_PY. Table S8. PCIP-seq efficiency estimation in BLV. Supplementary note 1. Rationale behind the use of CRISPR-cas9 to cleave circular DNA. Supplementary note 2. Effect of coverage on SNP calling. Supplementary Methods. Supplementary References.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,769 | 0,198 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».