Additional file 2 of Respiratory syncytial virus (RSV) enhances translation of virus-resembling AU-rich host transcripts
Notice bibliographique
Résumé
Supplementary Material 2: Supplementary Fig. S2. Related to Fig. 2. Quality control and GO analysis of RNA-seq samples.Western blot of total cytoplasmic protein obtained from samples used for high-throughput sequencing immunoblotted with polyclonal antibodyanti-RSV and monoclonal antibodies anti-RSV-N, anti-RSV-P and anti-RSV-M2-1 to confirm viral infection and loading control GAPDH.Agarose gel to determine RNA quality of purified RNA samplesselection). Note the absence of tRNAs in the polysomal RNA, unlike total RNA where free tRNA is abundant.Multidimensional scalingto determine similarity between RNAseq replicates. Diversity between samples is delineated by RNA typeand infection status.Heatmap demonstrating reproducibility between biological replicates. Color gradient shown on the heatmap corresponds to the Euclidian distance which was calculated for gene expression matrixes and compared between samples. Biological replicates are similar in distance and cluster together.IGV snapshot of the RSV genome of total RSV-infected samples. Individual viral mRNAs are annotated below each gene. Read coverage is specific to genomic regionsand absent in intergenic regions indicating specific sequencing of viral mRNAs as opposed to viral genome contamination. Some transcription readthrough exists between NS1 and NS2 as described earlier [43].Gene ontologyanalysis of biological processes for upregulated total mRNA, polysomal mRNA and TE during RSV infection. A large overlap exists between total and polysomal mRNAs indicating that transcripts that are increasing in abundance are also increased in the polysomes. On the other hand, the GO terms for TE are completely different.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,879 | 0,218 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».