Additional file 1 of A new lineage of non-photosynthetic green algae with extreme organellar genomes
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Fig. S1. Maximum likelihood phylogenetic tree ((IQ-TREE, TIM2+F+I+G4 substitution model) of 18S rRNA gene sequences from Chlorophyceae. Fig. S2. Predicted secondary structure of the ITS2 region of Leontynka pallida, with differences in the corresponding region of Leontynka elongata mapped onto it. Fig. S3. Maximum likelihood phylogenetic tree of Chlorophyceae, including Leontynka pallida, inferred from a concatenated set of seven conserved mitogenome-encoded proteins (2,608 amino acid positions). Fig. S4. Light micrographs of Leontynka pallida. Fig. S5. Light micrographs of Leontynka elongata. Fig. S6. Ultrastructure of Leontynka elongata (a–f) and Leontynka pallida (g–i). Fig. S7. Occurrence of the “variant 8” repeat (see Fig. 4) in the FtsH protein of Leontynka pallida mapped onto its predicted structure. Fig. S8. Alignment of the highly similar terminal regions of the originally assembled linear mitogenome contig. Fig. S9. Occurrence of the “variant 8” repeat (translated in reading frame +0 as KDKPANLTS and -0 as KEVSFAGLSL; both boxed in colour) in a variable region of protein sequence of the ribosomal protein Rps8 from Leontynka pallida (full protein alignment together with representatives of other chlamydomonadalean algae). Fig. S10. Phylogenetic analysis of a concatenated dataset of 24 conserved plastome-encoded proteins (5020 amino acid positions) from Chlamydomonadales, including Leontynka pallida, and the sister order Sphaeropleales (sensu lato).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,822 | 0,221 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».