Additional file 1 of ApoE4 associated with severe COVID-19 outcomes via downregulation of ACE2 and imbalanced RAS pathway
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Fig. S1. Expression of ApoE and ACE2 in vitro. Representative western blotting analysis of the ApoE and ACE2 protein levels in A549, HEK-293T, SH-SY5Y, and HUVECs; the data are shown as the mean ± SD of three independent experiments. α-Tubulin was used as a loading control. P values were calculated using one-way ANOVA, *p < 0.05; **p < 0.01; ***p <0.001. Fig. S2. Molecular docking and simulation analyses of the interaction between ApoE and ACE2. A Molecular docking simulation of the SARS-CoV-2 RBD interacting with ACE2 (the orange region of the ACE2 protein represents the region that binds to the spike S1 protein). B and C Plot of backbone RMSD versus time (ns) for ApoE and ACE2. D Plot of Rg versus time (ns) for ApoE-ACE2. E Plot of total SASA versus time (ns) for ApoE-ACE2 complexes. F Number of hydrogen bonds between ApoE and ACE2. G Number of hydrophobic interactions between ApoE and ACE2. H Interaction energy between ACE2 and ApoE. Brown: ApoE2-ACE2, Green: ApoE3-ACE2 and Blue: ApoE4-ACE2. Fig. S3. ApoE4 downregulates ACE2 protein expression in vivo. ACE2 protein levels in the cortex, hippocampus, liver, bowel, spleen, kidney, heart and lung of ApoE2-TR, ApoE3-TR, and ApoE4-TR mice were assessed by immunofluorescence staining. The results were normalized to the expression of a-tubulin. n = 6 mice per group. The sections were stained with an anti-ACE2 (green) antibody and counterstained with DAPI (blue). The data are expressed as the mean ± SD. Statistical differences were evaluated by one-way ANOVA. Scale bars, 100 μm. *p < 0.05; **p < 0.01; ***p <0.001. Fig. S4. ApoE4 regulates Ang II and Ang 1-7 protein expression in vitro. Expression of the Ang II A and Ang 1-7 B proteins in HEK-293T cells as shown by ELISA after transfection with 1 µg/ml Flag, ApoE2-Flag, ApoE3-Flag or ApoE4-Flag plasmids for 48 h. The data are expressed as the mean ± SD. One-way ANOVA tests were used. *p<0.05. Table S1. Characteristics of the included studies. Table S2. Newcastle-Ottawa Scale to assess quality of the involved studies. Table S3. Kinetic parameters of ApoE and ACE2 calculated by BLI. Table S4. Kinetic parameters of ApoE and SARS-CoV-2 (RBD) calculated by BLI.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,868 | 0,136 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».