Additional file 1 of A longitudinal census of the bacterial community in raw milk correlated with Staphylococcus aureus clinical mastitis infections in dairy cattle
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Fig. S1. Holstein cows with S. aureus clinical mastitis. This diagram illustrates 10 dairy cows diagnosed with S. aureus clinical mastitis from five dairy herds in Quebec, Canada. All mastitis occurred via natural infections. Milk samples (n = 599) were collected from all four quarters bi-weekly. Identifiers of each cow name are ‘H’ for the herd and ‘C’ for the assigned cow number. The red and the blue square boxes represent clinical mastitis with visible symptoms infected by S. aureus and other mastitis pathogens, respectively. The black square boxes represent non-mastitic milk. The open square boxes regardless of colors indicate milk samples where no 16S rRNA data is available due to missing milk samples (n = 16), low bacterial DNA (n = 6), and low library read size (n = 10). Fig. S2 Groups of dairy cows. A total of ten dairy cows (11 quarters) affected by S. aureus clinical mastitis were grouped based on the relative abundance of Staphylococcus at Week 0. Two quarters, a healthy and a CM quarter, were selected and indicated under the name of each cow. At Week 0, Staphylococcus was solely the predominant genus in mastitic milk samples in Group I while it was barely detectable in Group II with relative abundance of less than 10%. Fig. S3 Relative abundance of 11 OTUs and OTU0001 (Staphylococcus) over the lactation in healthy and mastitic quarters. The line graphs depict the changes of the relative abundance of 11 OTUs and OTU0001 in two quarters (healthy vs. mastitic quarters) from each cow over the study period. The vertical dotted lines indicate either beginning or ending of S. aureus CM.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,625 | 0,047 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».