Additional file 3 of Analysis of early childhood intestinal microbial dynamics in a continuous-flow bioreactor
Notice bibliographique
Résumé
Supplementary Material 3: Figure 2. Five additional fecal samples cultured in the chemostat model generate bacterial communities representative of the donor’s microbiome.Relative abundances of amplicon sequence variants (ASV) that represent bacterial composition were identified by Illumina MiSeq 16S rRNA gene sequencing from fecal samples and longitudinal chemostat communities of an additional five healthy 18-24-month-old participants. (a‑j) Alluvial plots show the relative abundance of ASVs identified on the fecal sample (day 0) and the chemostat culture over time from S2 (a, f), S3 (b, g), NS4 (c, h), S5 (d, i) and NS6 (e, j) individuals. (a-e) ASVs, indicated by colors, are stratified by presence or absence in on the indicated days of culture. The relative abundance of ASVs from the fecal sample found in the chemostat culture is indicated in brackets adjacent to the day 0 bar. (f-j) Colors represent the nine predominant phyla. ASVs are ordered by prevalence categories. (k) Bray-Curtis dissimilarity PCoA of (day 0) fecal sample and day 17 chemostat samples from seven study participants. The first and second principal coordinates are shown. Values in the brackets indicate the % of total variability explained by each principal coordinate. Point shape indicates sample type, and point color indicates the source individual.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,021 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,852 | 0,202 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».