Additional file 1 of Transcriptomic characterization of Trichoderma harzianum T34 primed tomato plants: assessment of biocontrol agent induced host specific gene expression and plant growth promotion
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Figure S1. Multidimensional scaling analysis of the gene expression data from both un-inoculated control (C) and treatment (T) to map the high dimensional data into two dimensions while keeping the relative distances between the observations constant. Figure S2. t-SNE plot displaying the points from a higher dimension to a lower dimension trying to preserve the neighborhood of that point. t-SNE plot t-SNE is also a un-supervised non-linear dimensionality reduction and data visualization. Figure S3. Pathway analysis of PCA rotation based on functional enrichement structured around biological process GO term. Figure S4. Pathway analysis of PCA rotation based on functional enrichement structured around molecular function GO term. Figure S5. Pathway analysis of PCA rotation based on functional enrichement based on Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome(KEGG) pathway. The functional annotation and gene-specific pathway for the significant and associated hits were retrieved through ShinyGO based KEGG tool [91, 92]. Figure S6. Cytohubba constructed PPI network for upregulated genes showing the interactive associative network. Figure S7. Tree map based on Revi GO analysis showing the functional annotation of the enriched GO IDs associated with significant DEGs structured around gene ontological term biological process involved. Figure S8. Tree map based on Revi GO analysis showing the functional annotation of the enriched GO IDs associated with significant DEGs structured around gene ontological term molecular function. Table S1. Table showing the different values of multiple principle component analysis (PCAs), multidimensional scaling and t-SNE analysis for both un-incoculated control samples (C1, C2, and C3) and inoculated treatments(T1,T2, and T3). Table S2. Functional enrichment and annotation of the top 25 significant DEG (p cal-value <0.05; pcal-value <0.01, and p adj- value <0.05) and upregulated (FC >1) structured around the three ontological terms including biological process, molecular function, cellular component, and KEGG pathways. The PPI network was constructed based on high confidence interval with 10 additional nodes from database with significant enrichment value PPI enrichment (p-value < 1.0e-16). Table S3. Functional enrichment and annotation of the top 25 significant DEG (pcal-value <0.05; pcal-value <0.01, and padj-value <0.05) and down-regulated (FC <1) structured around the three ontological terms including biological process, molecular function, cellular component, and KEGG pathways. The PPI network was constructed based on high confidence interval with 10 additional nodes from database with significant enrichment value PPI enrichment (p-value < 1.0e-1).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,790 | 0,143 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».