Additional file 1 of Respiratory syncytial virus (RSV) enhances translation of virus-resembling AU-rich host transcripts
Notice bibliographique
Résumé
Supplementary Material 1: Supplementary Fig. S1. Related to Fig. 1. RSV infection does not induce stress granule formation in HEp2 and A549 cells. Western blot demonstrating PKR upregulation during RSV infection. GAPDH serves as a loading control. RSV infection only induces low levels of eIF2α phosphorylation. Western blot demonstrating lack of strong eIF2α phosphorylation during RSV infection by comparing eIF2α-P and total eIF2α levels between mock- and RSV-infectedand untreated and NaAsO2-treatedin A549 cells. RSV infection was confirmed by immunoblotting with a polyclonal anti-RSV antibody. β-actin serves as a loading control. Relative quantification against control samples. P values were calculated with one-way ANOVA with Sidak’s multiple comparisons test.Western blot comparing eIF2α-P and total eIF2α levels between mock- and RSV-infectedat different time points. Viral proteins were detected using a polyclonal anti-RSV antibody. P values were calculated with one-way ANOVA with Sidak’s multiple comparisons test.RSV infection does not induce stress granule formation seen by indirect immunofluorescent staining of mock- and RSV-infected cellsvia stress granule markers PABPand G3BP. RSV proteins were detected using a polyclonal anti-RSV antibodyand nuclei were stained using DAPI. The white box corresponds to 10 μm and is enlarged in the zoom panel to visualize viral inclusion bodies where nascent viral transcripts are transcribed. Inclusion bodies are known to contain PABP.Stress granule formation seen by indirect immunofluorescent staining of arsenite-treated cellsdetecting stress granule markers PABP and G3BP. Nuclei were stained using DAPI.Polysome profiles of sucrose gradient fractionated mock- and RSV-infected A549 cells. AUC quantification between polysomes and monosomesare plotted to estimate translation levels. AUC quantification between free RNA fractionand 40S, 60S and 80S are plotted to determine changes in free monosomes and 80S subunits. P values were calculated with an unpaired t-test for polysome vs monosome comparisons and a two-way ANOVA with Sidak’s multiple comparisons test. AUC: area under the curve.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,890 | 0,248 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».