Genetic characteristics of Burkholderia gladiolus pv. cocovenenans isolated from poisonous food
Notice bibliographique
Résumé
ObjectiveWhole genome sequencing and analysis was conducted on a Burkholderia gladiolus pv. cocovenenans strain, isolated from raw corn flour sample which caused family agglutinative bongkrekic acid poisoning. The genetic characteristics of its virulence and pathogenicity were analyzed as well.MethodsGenomic DNA was extracted from DBJ isolate, the whole genome sequencing was carried out. Bioinformatics method were used to mine and analyze the data obtained from sequencing.ResultsTwo independent chromosomes (G1 and G2) and one plasmid (P) were found in DBJ isolate. The lengths of the chromosomes and plasmid were about 4 Mb and 300 kb respectively. The GC content of the two chromosomes was both around 68.0%, and that of the plasmid was slightly lower at 63.0%. The bon gene cluster was found on chromosome G2. The phylogenetic analysis showed that DBJ isolate and UCD-UG_CHAPALOTE stain which was isolated from corn sample in Canada were in the same clade. Among 255 strains, 31 carrying bon gene cluster and they had obvious genetic evolutionary tendency.ConclusionThe bon gene cluster was located on the chromosome of Burkholderia gladiolus pv. cocovenenans DBJ, and it was the main pathogenic gene causing food poisoning in human.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».