Females do count: Documenting Chironomidae (Diptera) species diversity using DNA barcoding
Notice bibliographique
Résumé
This dataset contains the digitized treatments in Plazi based on the original journal article Hebert, Torbjørn Ekrem Elisabeth Stur Paul D. N. (2010): Females do count: Documenting Chironomidae (Diptera) species diversity using DNA barcoding. Organisms Diversity & Evolution 10 (5): 397-408, DOI: 10.1007/s13127-010-0034-y, URL: http://dx.doi.org/10.1007/s13127-010-0034-yAbstract Because the family Chironomidae, or non-biting midges, is one of the most species-rich groups of macroinvertebrates in freshwater habitats, species-level identifications of chironomids are important for biodiversity assessments in these ecosystems. Morphology-based species identifications from adult female chironomids usually are considerably more difficult than from adult males, or even impossible; thus, the females are often neglected in community assessments. We used DNA barcoding to investigate how inclusion of the females influenced the species count from springs and spring brooks at Sølendet Nature Reserve in Central Norway. By means of the barcodes we were able to identify 77.6% of the females to species by associating them with males from the study site or from other regions, whereas the remaining, unassociated females could be identified to genus level only. The number of recorded species increased by 27% when females were included. We also found that DNA barcoding is effective for the detection of taxonomically challenging species and species groups. Using DNA barcoding in combination with traditional taxonomy, we recognised at least five species new to science and three species and one genus new to Norway.T. Ekrem (Z): E. SturNorwegian University of Science and Technology,Museum of Natural History and Archaeology,NO-7491 Trondheim, Norwaye-mail: Torbjorn.Ekrem@vm.ntnu.noE. Sture-mail: Elisabeth.Stur@vm.ntnu.noP. D. N. HebertBiodiversity Institute of Ontario, University of Guelph,579 Gordon Street,Guelph, Ontario, Canada N1G 2W1e-mail: phebert@uoguelph.ca
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,022 | 0,019 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».