Wastewater discharges alter microbial community composition in surface waters of the Canadian prairies
Notice bibliographique
Résumé
Freshwater ecosystems occupy only a small portion of the Earth's surface, but harbor a disproportionate amount of biodiversity that is particularly threatened by wastewater discharges, as one of the most common anthropogenic impact on these systems. As wastewater effluents are also sources of antimicrobial agents and other microorganisms, they reflect a particular threat to natural microbial communities within receiving rivers. Our knowledge about the impact of wastewater effluents on these communities is, however, largely unexplored. In this study, composition of microbial communities upstream and downstream of 5 different wastewater treatment plants within Southern Saskatchewan, Canada were examined. Three matrices, the water column, sediments, and biofilms attached to hard surfaces, were analyzed. The samples were extracted for DNA and were PCR amplified targeting the hypervariable V3-V4 region of the 16S ribosomal RNA subunit I gene of prokaryotes, as well as the hypervariable V3 region of the 18S ribosomal RNA gene of eukaryotic organisms. Amplicons were sequenced performing a 600-cycle paired-end sequencing run on an Illumina® MiSeq sequencer. This dataset includes the demultiplexed sequencing output, the feature table with taxonomic annotation, and the sample metadata.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».