Conservation Genetic Analysis of Spotted Turtles (<i>Clemmys </i><i>guttata</i>) Across the Western Portion of Their Range
Notice bibliographique
Résumé
Spotted Turtle (Clemmys guttata) populations are declining dramatically across their range primarily due to habitat alteration, fragmentation, and reduction. Fragmented habitats have the potential to affect a population’s genetic diversity and size through the direct loss of individuals and the reduction of gene flow. Understanding genetic variation in Spotted Turtles can provide insight into population dynamics, the geographic distribution of genetic variants, and conservation needs. I examined the genetic variation in Spotted Turtle populations across the western portion of their geographic range including localities in Illinois, Indiana, Ohio, Michigan, and Ontario, Canada. Using blood samples collected during the 2022 and 2023 field seasons as well as previously collected tissues, I genotyped 611 individuals across 17 or more localities using 16 microsatellite loci. Five of 17 sites across the geographic extent of the sample suggested the presence of inbreeding (positive Fis values). Although the precision of estimates was low in most localities (10 of 17 with incalculable confidence intervals), the remaining localities in Ohio were estimated to have effective population sizes of < 20 individuals. Model-based and ordination-based clustering were conducted to assess population structure. Both types of clustering approaches identified four genetic clusters within the dataset. The two Illinois sites fell distinctly into their own cluster, whereas all other sites show a pattern of admixture. Despite these clustering results, incorporation of spatial information in principal component analysis (sPCA), shows that genetic composition gradually changes from west to east across the landscape, a pattern supported by isolation by distance using a Mantel test of the correlation between genetic and geographic distances. My results show that several Spotted Turtle populations have low levels of genetic variation and could benefit from augmentation. The observed pattern of isolation by distance 9 suggests that any translocations of turtles to support populations should be attempt to draw from viable populations that are in closer proximity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».