Data from: Microevolution in time and space: SNP analysis of historical DNA reveals dynamic signatures of selection in Atlantic cod
Notice bibliographique
Résumé
Little is known about how quickly natural populations adapt to changes in their environment and how temporal and spatial variation in selection pressures interact to shape patterns of genetic diversity. We here address these issues with a series of genome scans in four overfished populations of Atlantic cod (Gadus morhua) studied over an 80-year period. Screening of >1000 gene-associated single-nucleotide polymorphisms (SNPs) identified 77 loci that showed highly elevated levels of differentiation, likely as an effect of directional selection, in either time, space or both. Exploratory analysis suggested that temporal allele frequency shifts at certain loci may correlate with local temperature variation and with life history changes suggested to be fisheries induced. Interestingly, however, largely nonoverlapping sets of loci were temporal outliers in the different populations and outliers from the 1928 to 1960 period showed almost complete stability during later decades. The contrasting microevolutionary trajectories among populations resulted in sequential shifts in spatial outliers, with no locus maintaining elevated spatial differentiation throughout the study period. Simulations of migration coupled with observations of temporally stable spatial structure at neutral loci suggest that population replacement or gene flow alone could not explain all the observed allele frequency variation. Thus, the genetic changes are likely to at least partly be driven by highly dynamic temporally and spatially varying selection. These findings have important implications for our understanding of local adaptation and evolutionary potential in high gene flow organisms and underscore the need to carefully consider all dimensions of biocomplexity for evolutionarily sustainable management.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».