Data from: Partitioning the effects of isolation by distance, environment, and physical barriers on genomic divergence between parapatric threespine stickleback
Notice bibliographique
Résumé
Genetic divergence between populations is shaped by a combination of drift, migration, and selection, yielding patterns of isolation-by-distance (IBD) and isolation-by-environment (IBE). Unfortunately, IBD and IBE may be confounded when comparing divergence across habitat boundaries. For instance, parapatric lake and stream threespine stickleback (Gasterosteus aculeatus) may have diverged due to selection against migrants (IBE), or mere spatial separation (IBD). To quantitatively partition the strength of IBE and IBD, we used recently-developed population genetic software (BEDASSLE) to analyze partial genomic data from three lake-stream clines on Vancouver Island. We find support for IBD within each of three outlet streams (unlike prior studies of lake-stream stickleback). In addition, we find evidence for IBE (controlling for geographic distance): the genetic effect of habitat is equivalent to geographic separation of ∼1.9km worth of IBD. Remarkably, of our three lake-stream pairs, IBE is strongest where migration between habitats is easiest. Such microgeographic genetic divergence would require exceptionally strong divergent selection, which multiple experiments have failed to detect. Instead, we propose that non-random dispersal (e.g., habitat choice) contributes to IBE. Supporting this conclusion, we show that the few migrants between habitats are a non-random subset of the phenotype distribution of the source population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,013 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».