Dorsal Raphe (Supratrochlear subnucleus) mask in MNI-space (ICBM 2009b)
Notice bibliographique
Résumé
Here we present a binary mask for Dorsal Raphe, specifically the more dorsal supratrochlear nucleus. The mask was created by combining histological descriptions of DR (Baker, Halliday and Törk, 1990; Baker et al., 1991) and the Allen Human Brain Atlas (Ding et al., 2016), with the MNI-warped BigBrain (Amunts et al., 2013; Xiao et al., 2019). A spherical ROI (3mm radius) was drawn around MNI coordinates x: 0, y: -30, z: -13. Any edge voxels close to the cerebral aqueduct of periaqueductal grey were trimmed leaving a roughly spherical ROI of volume ~32mm3. This position was chosen to align with the supratrochlear subnucleus of DR where neurofibrillary tangles have been identified in asymptomatic stages of Alzheimer’s disease.(Grinberg et al., 2009). The mask is provided in MNI space (ICBM 2009b Nonlinear Asymmetric 0.5mm) which can be downloaded here: https://www.bic.mni.mcgill.ca/ServicesAtlases/ICBM152NLin2009 . Amunts, K. et al. (2013) ‘BigBrain: an ultrahigh-resolution 3D human brain model’, Science (New York, N.Y.), 340(6139), pp. 1472–1475. Available at: https://doi.org/10.1126/science.1235381.Baker, K.G. et al. (1991) ‘Cytoarchitecture of serotonin-synthesizing neurons in the pontine tegmentum of the human brain’, Synapse (New York, N.Y.), 7(4), pp. 301–320. Available at: https://doi.org/10.1002/syn.890070407.Baker, K.G., Halliday, G.M. and Törk, I. (1990) ‘Cytoarchitecture of the human dorsal raphe nucleus: HUMAN DORSAL RAPHE’, Journal of Comparative Neurology, 301(2), pp. 147–161. Available at: https://doi.org/10.1002/cne.903010202.Ding, S.-L. et al. (2016) ‘Comprehensive cellular-resolution atlas of the adult human brain’, Journal of Comparative Neurology, 524(16), pp. 3127–3481. Available at: https://doi.org/10.1002/cne.24080.Grinberg, L.T. et al. (2009) ‘The dorsal raphe nucleus shows phospho-tau neurofibrillary changes before the transentorhinal region in Alzheimer’s disease. A precocious onset?’, Neuropathology and Applied Neurobiology, 35(4), pp. 406–416. Available at: https://doi.org/10.1111/j.1365-2990.2008.00997.x.Xiao, Y. et al. (2019) ‘An accurate registration of the BigBrain dataset with the MNI PD25 and ICBM152 atlases’, Scientific Data, 6(1), p. 210. Available at: https://doi.org/10.1038/s41597-019-0217-0.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,045 | 0,016 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».