Integrating target capture with whole genome sequencing of recent and natural history collections to explain the phylogeography of wild-growing and cultivated Cannabis
Notice bibliographique
Résumé
Cannabis has provided important and versatile services to humans for millennia. Domestication and subsequent dispersal have resulted in various landraces and cultivars. Unravelling the phylogeography of this genus poses considerable challenges due to its complex history. We relied on a Hyb-Seq approach (combining target capture with shotgun sequencing), with the universal Angiosperms353 enrichment panel, to explore the genetic structure of wild-growing accessions and cultivars by implementing phylogenomic and population genomic workflows on the same Hyb-Seq data. Our findings support the treatment of Cannabis as a monotypic genus (C. sativa L.), structured into three main genetic groups—E Asia, Paleotropis, and Boreal—with clear phylogeographic signal despite significant levels of admixture. The E Asia group was sister to the Paleotropis and the Boreal groups. Individuals within the Paleotropis group could be further structured into three subgroups: Iranian Plateau, C & S China and Himalayas, and Indoafrica. Individuals from the Boreal group split into two subgroups: Eurosiberia and W Mongolia and Caucasus and Mediterranean. Hemp and drug-type landraces and cultivars consistently matched their putative geographic origin. These findings enhance our understanding of the genetic patterns in Cannabis and provide a framework for future research into its current and past genetic diversity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».