Deciphering CLEC12A Negative Regulation of Neutrophils through Protein-Protein Interaction Network and Functional Enrichment Analyses
Notice bibliographique
Résumé
CLEC12A is a negative regulator of myeloid cell activation in inflammation-related diseases. In the absence of CLEC12A, myeloid cells such as neutrophils respond more robustly to pro-inflammatory stimuli, leading to exacerbated inflammation in CLEC12A knock-out mice challenged with arthritis-inducing stimuli. Similarly, lower CLEC12A expression in early rheumatoid arthritis patients also correlates with increased disease activity. While CLEC12A plays a key role in inflammation-related diseases, the mechanisms that regulate myeloid function are poorly understood. Using protein-protein network and functional enrichment approaches, complemented by validating experiments, we provide insight into CLEC12A-regulated molecular pathways and how they are interconnected. The CLEC12A protein-protein interaction network (CLEC12A PPIN) was constructed by querying and selectively filtering the BioGRID database. Functional enrichment analyses were performed on both first- and second-degree interactors. Additionally, results from phosphoproteomics experiments conducted on human neutrophils were incorporated into the network. The CLEC12A first-degree PPIN comprises 32 proteins that interact with CLEC12A. Enrichment analysis revealed that 12 of these 32 primary interactors belong to the SNARE family, while 4 are signaling proteins. Enrichment visualization conducted with our Bioconductor enrichViewNet package reinforces the importance of the SNARE proteins. Integrating the phosphoproteomics results into the CLEC12A second-degree PPIN identified potential signaling pathways regulated by CLEC12A. The involvement of signaling pathways enriched in the CLEC12A second-degree PPIN was experimentally validated. Our experimental data provide evidence for the role of ERK in regulating pro- and anti-inflammatory cytokine release by CLEC12A. The CLEC12A PPIN revealed that intracellular vesicular trafficking and MAP kinases are key mechanisms through which CLEC12A negatively regulates neutrophil activation. Our findings demonstrate that the CLEC12A PPIN can identify important CLEC12A-regulated pathways that may be associated to immune-mediated diseases. The insights provided by CLEC12A PPIN analyses, enrichment analyses, and visualization have accelerated discovery by facilitating the design of disease sub-networks and biological experiments to decipher the mechanism of action of CLEC12A and its role in immune-mediated diseases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».