ktmeaton/ncov-recombinant: v0.7.0 - Recursive Recombinants
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Notes This is a minor release aimed towards a <code>nextclade</code> dataset upgrade from <code>2022-10-27</code> to <code>2023-01-09</code> which adds nomenclature for newly designated recombinants <code>XBH</code> - <code>XBP</code>. This release also adds initial support for the detection of "recursive recombination" including <code>XBL</code> and <code>XBN</code> which are recombinants of <code>XBB</code>. A comprehensive test summary report can be downloaded directly with: ncov-recombinant_v0.6.1_v0.7.0.zip or viewed at the following link once the release is complete. Documentation Issue #24: Create documentation on Read The Docs Dataset Issue #210: Handle numeric strain names. Resources Issue #185: Simplify creation of the pango-lineage nomenclature phylogeny to use the lineage_notes.txt file and the pango_aliasor library. sc2rf Issue #195: Add bypass to intermission allele ratio for edge cases. Issue #204: Add special handling for XBB sequenced with ARTIC v4.1 and dropout regions. Issue #205: Add new column <code>parents_conflict</code> to indicate whether the reported lineages from covSPECTRUM conflict with the reported parental clades from `sc2rf. Issue #213: Add <code>XBK</code> to auto-pass lineages. Issue #222: Add new parameter <code>--gisaid-access-key</code> to <code>sc2rf</code> and <code>sc2rf_recombinants</code>. Issue #229: Fix bug where auto-pass lineages are missing when exclude_negatives is set to true. Issue #231: Fix bug where 'null' lineages in covSPECTRUM caused error in <code>sc2rf</code> postprocess. The order of the <code>postprocessing.py</code> was rearranged to have more comprehensive details for auto-pass lineages. Add <code>XAN</code> to auto-pass lineages. Plot Issue #209: Restrict the palette for <code>rbd_level</code> to the range of <code>0:12</code>. Issue #218: Fix bug concerning data fragmentation with large numbers of sequences. Issue #221: Remove parameter <code>--singletons</code> in favor of <code>--min-cluster-size</code> to control cluster size in plots. Issue #224: Fix bug where plot crashed with extremely large datasets. Combine <code>plot</code> and <code>plot_historical</code> into one snakemake rule. Also at custom pattern <code>plot_NX</code> (ex. <code>plot_N10</code>) to adjust min cluster size. Report Combine <code>report</code> and <code>report_historical</code> into one snakemake rule. Validate Issue #225: Fix bug where false negatives passed validation because the status column wasn't checked. Designated Lineages Issue #217: <code>XBB.1.5</code> Issue #196: <code>XBF</code> Issue #206: <code>XBG</code> Issue #196: <code>XBH</code> Issue #199: <code>XBJ</code> Issue #213: <code>XBK</code> Issue #219: <code>XBL</code> Issue #215: <code>XBM</code> Issue #197: <code>XBN</code> Proposed Lineages Issue #203: <code>proposed1305</code> Issue #208: <code>proposed1340</code> Issue #212: <code>proposed1425</code> Issue #214: <code>proposed1440</code> Issue #216: <code>proposed1444</code> Issue #220: <code>proposed1576</code> Commits <code>c279f1e4</code> docs: add changelog for v0.7.0 <code>2964b4a1</code> docs: update notes to include 1576 proposed issue <code>fdc874ab</code> docs: add test summary package for v0.7.0 <code>3f3d4438</code> docs: update docs v0.7.0 <code>78696b36</code> script: add bug fix to sc2rf postprocess for #231 <code>403777a0</code> script: lint plotting script <code>2a09c783</code> script: fix sc2rf postprocess bug in duplicate removal <code>d44d5f90</code> data: add XBP to controls-gisaid <code>4293439c</code> profile: add controls-gisaid to virusseq builds <code>91d6fb89</code> defaults: update nextclade dataset to 2023-02-01 <code>630b2cd5</code> resources: update <code>49e6f598</code> profile: add virusseq profile <code>7e586d1d</code> script: add extra logic for auto-passing lineages <code>0ebe5e9c</code> script: fix bug in report where it didn't check that plots existed <code>25b2f243</code> docs: update developers guide <code>914d933f</code> defaults: add XBN to controls-gisaid and validation <code>8eaf08a9</code> data: restore controls-gisaid strain list <code>fa123009</code> script: defragment plot for 218 <code>5f24f695</code> dataset: update controls-gisaid strain list <code>efc5aab7</code> defaults: update validation to fix XBH dropout See CHANGELOG.md for additional commits.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,015 | 0,084 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle