Post-translational Modifications of ATG16L1 are essential for the stability and activation of the Autophagosome Complex
Notice bibliographique
Résumé
Autophagy is a cellular stress response pathway that controls cell growth and maintains homeostasis. Dysregulation of autophagy leads to several cytopathic disorders, such as cancer, inflammatory bowel disorders, and neurodegeneration. Cellular stress, such as nutrient starvation or infection, triggers the autophagic cascade by activating the ATG16L1/5-12 protein complex, which delivers cellular compartments to lysosomes for degradation. Very little is known about where ATG16L1 is located under nutrient rich conditions and about the first steps of its activation, prior to binding to nascent autophagosome. We discovered three post-translational modifications (PTM’s) of ATG16L1, S268A, S269/287A, and T281A, that occur under nutrient rich conditions and are lost upon starvation. We also discovered under basal conditions ATG16L1 is localized to the cytoskeleton through interaction with SPEC1L, and that ATG16L1/SPEC1L complex dissociates upon activation. We hypothesize that the stress-sensitive PTM’s mediate the complex’s stability; during stress, they dissociate from the ATG16L1/SPEC1L complex leading to the activation of the complex. My objective is to create phospho-mimetic and phospho-dead mutations of ATG16L1 to detect if these phosphorylation events regulate ATG16L1 inactivation at the cytoskeleton. Mutations were inserted into the genome of virus vectors by Site-Directed Mutagenesis, based on KOD Xtreme Hot Start and Pfu Turbo DNA Polymerase enzymes protocols. Salmonella bacteria were infected with the vectors to evaluate the mutations through direct-sequencing. Mutations will be introduced in vitro into mammalian cells, and the results will be analysed by Western Blotting and Immunoprecipitation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».