ktmeaton/ncov-recombinant: v0.7.0 - Recursive Recombinants
Notice bibliographique
Résumé
Notes This is a minor release aimed towards a <code>nextclade</code> dataset upgrade from <code>2022-10-27</code> to <code>2023-01-09</code> which adds nomenclature for newly designated recombinants <code>XBH</code> - <code>XBP</code>. This release also adds initial support for the detection of "recursive recombination" including <code>XBL</code> and <code>XBN</code> which are recombinants of <code>XBB</code>. A comprehensive test summary report can be downloaded directly with: ncov-recombinant_v0.6.1_v0.7.0.zip or viewed at the following link once the release is complete. Documentation Issue #24: Create documentation on Read The Docs Dataset Issue #210: Handle numeric strain names. Resources Issue #185: Simplify creation of the pango-lineage nomenclature phylogeny to use the lineage_notes.txt file and the pango_aliasor library. sc2rf Issue #195: Add bypass to intermission allele ratio for edge cases. Issue #204: Add special handling for XBB sequenced with ARTIC v4.1 and dropout regions. Issue #205: Add new column <code>parents_conflict</code> to indicate whether the reported lineages from covSPECTRUM conflict with the reported parental clades from `sc2rf. Issue #213: Add <code>XBK</code> to auto-pass lineages. Issue #222: Add new parameter <code>--gisaid-access-key</code> to <code>sc2rf</code> and <code>sc2rf_recombinants</code>. Issue #229: Fix bug where auto-pass lineages are missing when exclude_negatives is set to true. Issue #231: Fix bug where 'null' lineages in covSPECTRUM caused error in <code>sc2rf</code> postprocess. The order of the <code>postprocessing.py</code> was rearranged to have more comprehensive details for auto-pass lineages. Add <code>XAN</code> to auto-pass lineages. Plot Issue #209: Restrict the palette for <code>rbd_level</code> to the range of <code>0:12</code>. Issue #218: Fix bug concerning data fragmentation with large numbers of sequences. Issue #221: Remove parameter <code>--singletons</code> in favor of <code>--min-cluster-size</code> to control cluster size in plots. Issue #224: Fix bug where plot crashed with extremely large datasets. Combine <code>plot</code> and <code>plot_historical</code> into one snakemake rule. Also at custom pattern <code>plot_NX</code> (ex. <code>plot_N10</code>) to adjust min cluster size. Report Combine <code>report</code> and <code>report_historical</code> into one snakemake rule. Validate Issue #225: Fix bug where false negatives passed validation because the status column wasn't checked. Designated Lineages Issue #217: <code>XBB.1.5</code> Issue #196: <code>XBF</code> Issue #206: <code>XBG</code> Issue #196: <code>XBH</code> Issue #199: <code>XBJ</code> Issue #213: <code>XBK</code> Issue #219: <code>XBL</code> Issue #215: <code>XBM</code> Issue #197: <code>XBN</code> Proposed Lineages Issue #203: <code>proposed1305</code> Issue #208: <code>proposed1340</code> Issue #212: <code>proposed1425</code> Issue #214: <code>proposed1440</code> Issue #216: <code>proposed1444</code> Issue #220: <code>proposed1576</code> Commits <code>c279f1e4</code> docs: add changelog for v0.7.0 <code>2964b4a1</code> docs: update notes to include 1576 proposed issue <code>fdc874ab</code> docs: add test summary package for v0.7.0 <code>3f3d4438</code> docs: update docs v0.7.0 <code>78696b36</code> script: add bug fix to sc2rf postprocess for #231 <code>403777a0</code> script: lint plotting script <code>2a09c783</code> script: fix sc2rf postprocess bug in duplicate removal <code>d44d5f90</code> data: add XBP to controls-gisaid <code>4293439c</code> profile: add controls-gisaid to virusseq builds <code>91d6fb89</code> defaults: update nextclade dataset to 2023-02-01 <code>630b2cd5</code> resources: update <code>49e6f598</code> profile: add virusseq profile <code>7e586d1d</code> script: add extra logic for auto-passing lineages <code>0ebe5e9c</code> script: fix bug in report where it didn't check that plots existed <code>25b2f243</code> docs: update developers guide <code>914d933f</code> defaults: add XBN to controls-gisaid and validation <code>8eaf08a9</code> data: restore controls-gisaid strain list <code>fa123009</code> script: defragment plot for 218 <code>5f24f695</code> dataset: update controls-gisaid strain list <code>efc5aab7</code> defaults: update validation to fix XBH dropout See CHANGELOG.md for additional commits.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,011 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».