Supplementary Materials for "High-Performance and Scalable Agent-Based Simulation with BioDynaMo"
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
This repository contains all Supplementary Materials for the paper "High-Performance and Scalable Agent-Based Simulation with BioDynaMo" and <strong>received the Best Artifact Award at PPoPP '23</strong>. The paper is available at https://doi.org/10.1145/3572848.3577480 and https://doi.org/10.48550/arXiv.2301.06984. We provide detailed instructions to reproduce all results of the paper in file: SF1-readme.pdf <strong>Citation</strong>: If you find this repository useful, please cite the following works: Lukas Breitwieser et al., <strong>High-Performance and Scalable Agent-Based Simulation with BioDynaMo.</strong> 2023, In Proceedings of the 28th ACM SIGPLAN Annual Symposium on Principles and Practice of Parallel Programming (Montreal, QC, Canada) (PPoPP ’23). Association for Computing Machinery, New York, NY, USA, 174–188. https://doi.org/10.1145/3572848.3577480 arXiv:2301.06984 [cs.DC] <pre><code>@inproceedings{breitwieser_biodynamo_2023, author = {Breitwieser, Lukas and Hesam, Ahmad and Rademakers, Fons and Luna, Juan G\'{o}mez and Mutlu, Onur}, title = {High-Performance and Scalable Agent-Based Simulation with BioDynaMo}, year = {2023}, isbn = {9798400700156}, publisher = {Association for Computing Machinery}, address = {New York, NY, USA}, url = {https://doi.org/10.1145/3572848.3577480}, doi = {10.1145/3572848.3577480}, booktitle = {Proceedings of the 28th ACM SIGPLAN Annual Symposium on Principles and Practice of Parallel Programming}, pages = {174–188}, numpages = {15}, keywords = {NUMA, HPC, performance evaluation, parallel computing, space-filling curve, high-performance simulation, performance optimization, agent-based modeling, memory layout optimization, memory allocation, scalability}, location = {Montreal, QC, Canada}, series = {PPoPP '23}, archivePrefix = "arXiv", eprint = "2301.06984", primaryClass = "cs.DC" }</code></pre> Lukas Breitwieser et al., <strong>BioDynaMo: a modular platform for high-performance agent-based simulation</strong>, Bioinformatics, Volume 38, Issue 2, 15 January 2022, Pages 453–460, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab649 <pre><code>@article{breitwieser_biodynamo_2022, author = {Breitwieser, Lukas and Hesam, Ahmad and de Montigny, Jean and Vavourakis, Vasileios and Iosif, Alexandros and Jennings, Jack and Kaiser, Marcus and Manca, Marco and Di Meglio, Alberto and Al-Ars, Zaid and Rademakers, Fons and Mutlu, Onur and Bauer, Roman}, title = "{BioDynaMo: a modular platform for high-performance agent-based simulation}", journal = {Bioinformatics}, volume = {38}, number = {2}, pages = {453-460}, year = {2021}, month = {09}, issn = {1367-4803}, doi = {10.1093/bioinformatics/btab649}, url = {https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab649} }</code></pre> <strong>License</strong> License information for the code repositories in SF2-code.tar.gz can be found in the files: biodynamo/LICENSE bdm-paper-examples/LICENSE
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,042 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle