Minimal Dataset for Characterization of a C9orf72 Knockout Danio rerio Model for ALS and Cross-Species Validation of Therapeutics in Caenorhabditis elegans
Notice bibliographique
Résumé
<p> This dataset is associated with the manuscript <strong>"Characterization of a C9orf72 Knockout Danio rerio Model for ALS and Cross-Species Validation of Potential Therapeutics Screened in Caenorhabditis elegans"</strong>, currently under review at <em>PLOS Genetics</em>. It represents the minimal dataset required for reproducibility under <em>PLOS Genetics</em> data-sharing policies. </p> <h3>Abstract:</h3> <p> Intronic hexanucleotide repeat expansions in the <em>C9orf72</em> gene are the most common genetic cause of the neurodegenerative diseases amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia. This expansion reduces <em>C9orf72</em> expression in affected patients, implicating loss of <em>C9orf72</em> function (LOF) as a pathogenic mechanism. </p> <p> Various <em>Danio rerio</em> (zebrafish) models of <em>C9orf72</em> depletion have been developed to investigate disease mechanisms and the effects of <em>C9orf72</em> LOF. However, there are inconsistencies in reported phenotypes, and most have yet to be validated in stable germline ablation models. To address this, we generated a zebrafish <em>C9orf72</em> knockout model using CRISPR/Cas9. The <em>C9orf72</em> LOF model exhibits, in a generally dose-dependent manner, increased larval mortality, persistent growth reduction, and motor deficits. Additionally, homozygous <em>C9orf72</em> LOF larvae displayed mild overbranching of spinal motoneurons. </p> <p> To identify potential therapeutic compounds, we conducted a screen in an established <em>Caenorhabditis elegans</em> (<em>C. elegans</em>) <em>C9orf72</em> homologue (<em>alfa-1</em>) LOF model, identifying 12 compounds that improved the motility, neurodegeneration, and paralysis phenotypes. Prompted by the shared motor phenotype, 2 of those compounds were tested in our zebrafish <em>C9orf72</em> LOF model. <strong>Pizotifen malate</strong> was found to significantly improve motor deficits in <em>C9orf72</em> LOF zebrafish larvae. We present a novel zebrafish <em>C9orf72</em> knockout model that exhibits phenotypic differences from depletion models, providing a valuable tool for in vivo <em>C9orf72</em> research and ALS therapeutic validation. Furthermore, we identify <strong>pizotifen malate</strong> as a promising compound for further preclinical evaluation. </p> <h3>Dataset Information:</h3> <p> This dataset includes raw and processed numerical data from key experimental assays in zebrafish (<em>Danio rerio</em>) and <em>Caenorhabditis elegans</em>. In zebrafish, it contains data from qPCR, sequencing, western blots, survival assays, motor activity tracking, spinal motor neuron morphology analysis, neuromuscular junction integrity evaluation, and drug screening experiments. For <em>C. elegans</em>, it includes data on swimming activity, paralysis assays, neurodegeneration analysis, and drug screening experiments. </p> <p> This dataset represents the minimal dataset required for reproducibility in accordance with <em>PLOS Genetics</em> guidelines and provides all necessary numerical data to replicate the study’s findings. Where relevant, sample raw files are included to ensure data provenance and reproducibility. </p>
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».