Additional file 7 of PGRMC1 effects on metabolism, genomic mutation and CpG methylation imply crucial roles in animal biology and disease
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 7 Fig. S7. Chromosomal context of differentially methylated CpG, and biological association of genes. Related to Fig. 7. (A) CpG feature classifications for differentially methylated probes. The percentage of all significant probes that were hypermethylated or hypomethylated per CpG feature is presented for each comparison. Up arrows point to relatively greater fractions of Island and Shore genomic regions for the TM/DM comparison. The down arrow points to reduced OpenSea hypomethylation in the TM/DM comparison. (B) Intersections of significant KEGG pathways between WT/MP, DM/WT and TM/DM. KEGG enrichment was applied separately to significant hypermethylated and hypomethylated probes. The main bar chart presents the number of pathways common to each comparison. Each bar represents an intersect notated by linked dots on the x-axis. The number of significant pathways per comparison is presented as a horizontal bar chart. The KEGG results are in File S1 and the list of pathways unique to each comparison are provided. Pathways analysis of probes genes corresponding to the top 2000 most variable differentially methylated probes in CpG Island or Shore chromosomal regions. Probes were separated into hypermethylated and hypomethylated data sets from D, including only probes from Island or Shores. Enriched Gene Ontology (GO) pathways enrichments are shown. The identities of pathways uniquely differential to one of the three cell type comparisons (WT/MP, DM/WT, or TM/DM) for both hypo- and hyper-methylated data sets and KEGG pathways are available in Supplemental Information File 1.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,018 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,886 | 0,203 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».