Additional file 1 of Author Correction: Microbial community dynamics and coexistence in a sulfide-driven phototrophic bloom
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1. Supplementary Materials, Methods and Results. Figure S1.Natural blooms in Trunk River. Figure S2.Color and appearance ofsamples from all holes, depths, and timepoints. Figure S3.Filters thatwere used for biomass measurements and spectral analysis. Figure S4.Total cell count of three samples (A2, A7 and K7). Figure S5. Depthprofile representation of chemical data presented in Fig.2. Figure S6. Physicochemistry. Iron, nitrate, ammonium, acetate, Ca2+, and K+measurements. Figure S7. Individual diversity indices of all samples. Figure S8. Trajectories of community structure in hole A, E and K. Figure S9. Relative sequence abundance of the 20 most abundant clades onphylum, class, order, family and genus level, as well as the 20 mostsequence abundant ASVs (amplicon sequence variants). Figure S10.Relative sequence abundance of Chlorobiales ASVs. Figure S11.Relativechange of ASV abundance between surface (V1) and deeper layers (V2-4). Figure S12.Chlorobiales phylogeny. Figure S13. Circular map ofmetagenome-assembled genomes (MAGs). Figure S14. Chlorobiales phy-logenomics. Figure S15. Protein comparison of Bin 6. Figure S16.Pro-tein comparison of Bin 10. Figure S17. Genes involved in sulfurcycling. Figure S18. CRISPR arrays and cas genes predictions Bin 6.Figure S19. CRISPR arrays and cas genes predictions Bin 10. Figure S20. Relative sequence abundance of viral family-level clades. Table S1. Over-view of sequencing output and diversity indices. Table S2. Genome sta-tistics. Table S3. Average nucleotide identity (ANI) comparisons. Table S4. Oxidative phosphorylation and chlorophyll biosynthesis genes of Bin6 and Bin 10. Table S5. CRISPR-Cas system information for eachmetagenome-assembled genome.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,071 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,888 | 0,288 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».