Additional file 1 of Monocyte, neutrophil, and whole blood transcriptome dynamics following ischemic stroke
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Table S1. Differentially expressed genes (DEGs) significant to time point (TP) p-value < 0.02 on the contrasts IS TP vs. VRFC (TP0). Table S2. Enriched canonical pathways overrepresented in all time points (TP) (Fisher's p-value < 0.05). Table S3. Predicted upstream regulators in all time points (TP) (Fishers' p-value < 0.05). Table S4. Differentially expressed genes (DEGs) distributed per GEDI map tile based on Pearson's correlation of gene expression values. Table S5. Differentially expressed genes (DEGs) distributed per SOM profile based on Euclidean distance. Table S6. GO terms for biological processes enriched in the SOM profiles from Fig. 6. Table S7. Subject demographics and relevant clinical characteristics in the time bins analyzed after regrouping per IS etiology. Table S8. Differentially expressed genes (DEGs) significant to time point (TP) p-value < 0.02 on the contrasts IS TP-IS etiology vs. VRFC (TP0). Table S9. DEGs distributed per SOM profile in all IS etiologies, based on Euclidean distance. Table S10. GO terms for biological processes enriched in the SOM profiles from Fig. 9, for all IS etiologies. Table S11. Genes in WGCNA modules associated time (h). Table S12. Hub genes in the modules significant to time (h). Table S13. HumanBase functional clustering of hub genes from time-associated modules and their corresponding gene ontology terms. Table S14. Correlation between NIHSS at admission and expression of time-associated hub genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,787 | 0,119 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».