Additional file 1 of Localized microglia dysregulation impairs central nervous system myelination in development
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Table S1. Neuropathological and Clinical information of human infant brain samples used for digital spatial profiling and immunofluorescent assessment. Table S2. Clinical information of human infant cerebrospinal fluid samples used for SPP1 assessment. Fig. S1. Digital Spatial Transcriptomic profiling of human infant brain. A Overview images of ROI selection in injured infant cerebellum, stained for myelin (MBP; green), microglia/macrophages (CD68; red), and counterstained with Hoechst. B PCA plot of ROIs from female (orange) versus male (blue) human infant cerebellar white matter. C PCA plot of ROIs from human infant cerebellar white matter from cases with a neuropathological diagnosis of periventricular leukomalacia (PVL; purple) or hypoxic ischemic encephalopathy (HIE) or hypoxia (blue). Control infants are indicated in grey. D PCA plot of ROIs from human infant cerebellar white matter with age indicated. Individual infants indicated in different colours (injured are pink, control are green). E Volcano plot of control infants comparing those who died from Sudden Unexpected Death in Infancy (SUDI) versus other causes of death. Differentially expressed genes shown in grey, and interferon-related genes indicated in pink. Fig. S2. Oligodendrocyte lineage cell responses in human infant brain injury. A Mean proportion of IRF8+ cells that are OLIG2+ ± s.e.m. in cROI (n = 6 infants), iROI-M+ (n = 4 infants) and iROI-M− (n = 6 infants). B Mean proportion of IRF8+ cells that are CD68+ ± s.e.m. in cROI (n+6 infants), iROI-M+ (n = 4 infants) and iROI-M− (n = 6 infants).**P = 0.0039, Unpaired 2-tailed Student’s t-test. C Mean SOX10 normalized RNA counts ± s.e.m. for control and injured infants. Unpaired 2-tailed Student’s t-test, **P = 0.0080, n = 6 infants per group. D Mean OLIG2+ cells per mm2 ± s.e.m. in iROI-M+ and iROI-M−. n = 5 infants. Unpaired 2-tailed Student’s t-test, P > 0.05. E Mean OLIG2+ CC1- cells per mm2 ± s.e.m. in cROI (n = 6 infants), iROI-M+ (n = 4 infants) and iROI-M− (n = 6 infants). *P = 0.0108, Mann-Whitney test. F Sphericity (based on CNPase) versus percent CNPase area per respective ROI, in iROI-M+ (grey) and iROI-M− (pink). G Sphericity (based on CNPase) versus number of CNPase+ cells per respective ROI, in iROI-M+ (grey) and iROI-M− (pink). H Sphericity (based on MBP) versus MBP area in myelinating cultures exposed to conditioned media (CM) from microglia treated with PBS vehicle (grey) or IFNγ and LPS (pink). I Average fraction of total spectral counts (SC) in conditioned media (CM) from microglia treated with IFNγ and LPS, where proteins enriched in this condition are indicated in pink (e.g. TNF, IL1B) whereas proteins enriched in vehicle (Veh) control are indicated in grey (E.g. SPP1). Fig. S3. Analysis of sex and Osteopontin regulation in human infant brain injury. A Volcano plot of control infants, comparing female versus male gene expression. Differentially significantly regulated genes shown in grey. SPP1 indicated in pink. B Volcano plot of iROI-M+, comparing female versus male gene expression. Differentially significantly regulated genes shown in grey. SPP1 indicated in pink. C Volcano plot of iROI-M−, comparing female versus male gene expression. Differentially significantly regulated genes shown in grey. SPP1 indicated in pink. D SPP1 protein levels in CSF of term versus preterm infants, with females indicated in pink and males indicated in grey. Mann-Whitney test, **P = 0.0031, n = 20 term infants and 17 pre-term infants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,024 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,889 | 0,137 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».