Additional file 3 of Sex-based disparities in DNA methylation and gene expression in late-gestation mouse placentas
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 3: Figure S1. Expression of Y chromosome genes in male placentas A) Differential expression analysis of Y chromosome genes in male and female E18.5 placentas (n = 121). Colored dots represent statistically significant DEGs (p < 0.05; n = 7) B) Expression levels (z-scores) of the Y chromosome DEGs. Figure S2. DEG abundance in male and female placentas A–B) MA plot of the differential expression (log2 fold change) values of normalized read counts and their average expression levels in A) male and B) female E18.5 placentas. The plots include all analyzed genes (left; n = 29,480); genes with read counts > 10,000 (middle; n = 29,165 and 29,160 in male and female placentas, respectively), and genes with read counts > 100 (right; n = 18,160 and 18,173 in male and female placentas, respectively). Colored dots represent significant DEGs on autosomes (pink) and X chromosomes (blue). The dotted black rectangle indicates the subset of the graph shown on the right. C) Differential expression values of each analyzed gene) in male and female placentas relative to their promoter’s GC content (%). Significant DEGs on autosomes and X chromosomes are shown in pink and blue, respectively. Figure S3. DMRs occur throughout the E18.5 placenta genome but are concentrated on the X chromosomes A) DNA methylation levels of a random subset of tiles in the individual male and female placenta samples. B) Mean DNA methylation levels within ± 15 kb of a transcriptional start site (TSS) or transcriptional end site (TES) in all analyzed tiles from male and female placentas. C) Distributions of the DNA methylation levels of various chromosomes in male and female placentas. Median DNA methylation values are indicated with diamonds. D) DNA methylation levels in tiles associated with autosomes (top) and X chromosomes (bottom) in male and female placentas. ****p < 0.0001, ***p < 0.001 by two-proportion z-test. E) Average DNA methylation levels in tiles associated with various genomic features on the autosomal (top) and X (bottom) chromosomes of male and female placentas. Figure S4. DNA methylation sex differences in various genomic elements A) DNA methylation levels of top changed genes on the autosomes (left) and X chromosomes (right) of male and female placentas. B) Distributions of autosomal (pink) and X chromosome (blue) DMRs located in various genomic elements in male and female placentas. C) Average DNA methylation levels of DMRs in autosomes (left) and X chromosomes (right) based on their location’s genomic annotation. Figure S5. DNA methylation and expression patterns of genes essential for placental development A) DNA methylation levels of autosomal (left) and X chromosomal (right) tiles associated with key placental developmental genes in male and female E18.5 placentas. B) DNA methylation levels of autosomal and X chromosomal DMRs associated with placental development genes in male and female placentas. C) Distributions of all analyzed tiles and DMRs located in essential placental development genes on the autosomes and X chromosomes. D) Distributions of individual placenta developmental genes on the autosomes and X chromosomes in the analyzed tiles and DMRs. E) DNA methylation levels of selected placenta developmental gene-related DMRs in male and female placentas. F) The top five pathways enriched for the placental development-associated DMRs in B). G) Expression levels (z-scores) of differentially expressed essential placental development genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,016 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,838 | 0,144 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».