Additional file 7 of Respiratory syncytial virus (RSV) enhances translation of virus-resembling AU-rich host transcripts
Notice bibliographique
Résumé
Supplementary Material 7: Supplementary Table S1. RNA-seq raw counts from this study, related to Fig. 2. Columns A-E contain gene information. Columns F-K mock-infected and columns L-Q RSV-infected raw counts. Total indicates total RNA and pol indicates polysome-associated RNA. Supplementary Table S2. DESeq2 normalized counts and DESeq2 differential expression for total RNA from this study, related to Fig. 2B. Columns A-E contain gene information. Columns F-K DESeq2 contain outputs for RSV/mock comparisons for total RNA. Columns L-Q contain normalized total counts. Supplementary Table S3. DESeq2 normalized counts and DESeq2 differential expression for polysome-associated RNA from this study, related to Fig. 2C. Columns A-E contain gene information. Columns F-K DESeq2 contain outputs for RSV/mock comparisons for polysome-associated RNA. Columns L-Q contain normalized polysome-associated counts. Supplementary Table S4. DESeq2 normalized counts and DESeq2 differential expression for translation efficiencies from this study, related to Fig. 2D. Columns A-E contain gene information. Columns F-K DESeq2 outputs for translation efficiency between RSV- and mock- infected cells. Columns L-Q normalized mock-infected counts and columns R-W normalized RSV-infected counts. Columns X-Y shows individual manually calculated TE for mock- and RSV-infected cells. Supplementary Table S5: GO analysis lists of differentially upregulated transcripts. Gene names of significantly upregulated total mRNAs, polysomal mRNAs and TE used for input files for GO analysis. TE: translation efficiency. Supplementary Table S6. DESeq2 differential expression for the translation efficiency data for mock and RSV infected samples from this study, related to Fig. 3. Columns A-D contain gene information. Columns E-I DESeq2 outputs for translation efficiency for mock-infected samples. Columns J-N DESeq2 outputs for translation efficiency for RSV-infected samples. Supplementary Table S7. DESeq2 differential expression for the translation efficiencydata for mock and VSV samples from [34], related to Fig. 4. Columns A-D contain gene information. Columns E-I DESeq2 outputs for translation efficiency for mock-infected samples. Columns J-N DESeq2 outputs for translation efficiency for VSV-infected samples. Supplementary Table S8. GC% and length data of MANE selected transcripts, related to Figs. 4 and 5. GC% and length for cDNA sequences, 5’-UTR, CDS and 3’-UTR. Transcripts were selected from the Matched Annotation from the NCBI and EMBL-EBI to obtain information for representative transcripts within the human transcriptome. Supplementary Table S9. Oligonucleotides used in this study. Related to Methods. List of oligos used for qRT-PCR.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,759 | 0,190 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».