Aligments used in phylogenetic analyzes
Notice bibliographique
Résumé
The diversity of microscopic hyphomycetes is still an ongoing effort and many species remain to be described. While studying lichen organismal composition in western Canada, metatranscriptome data revealed the presence of an unknown species of Retiarius (Orbiliaceae, Ascomycota), a pollen-parasitic fungus with no previous records in the region. We developed genus-specific primers to amplify Retiarius DNA in lichen and adjacent substrate extractions and detected multiple lineages of Retiarius across a wide geographic range. We proceeded to screen accumulations of pollen on the undersurface of lichen thalli to isolate any pollen-associated fungi. Using dilution series and direct-PCR for identification, we isolated two strains of Retiarius with morphology unlike any described member of the genus. Inclusion of DNA from these strains in a multilocus phylogeny using ITS1-5.8S-ITS2 (ITS), partial nuc 28S rDNA (28S) and nuc small subunit (18S) confirmed their evolutionarily distinct position in the genus. We describe these two species here as Retiarius canadensis and R. crescentus, respectively. The former possesses trinacrium-shaped conidia, similar to R. bovicornutus and R. revayae, but morphometrically different; and the latter is distinguished by its canoe-shaped conidia, a morphological character heretofore unknown from Retiarius.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,025 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,008 | 0,012 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,072 | 0,025 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».