Additional file 2 of Stimulation of protein synthesis by optogenetic and chemical induction of excitatory synaptic plasticity in hippocampal somatostatin interneurons
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Figure S1. Specificity of puromycin labeling in SUnSET assay. (a) Diagram of puromycin entering the ribosomal A-site, arrest of protein synthesis and release of premature peptides, later detected using a puromycin specific antibody. (b) Representative images of EYFP and puromycin immunofluorescence showing specificity of puromycin antibody in absence (upper panels) or presence (middle panels) of puromycin, and no puromycin labeling without puromycin antibody (bottom panels). Hippocampal slices were exposed with or without puromycin to Sham-treatment of late LTP protocol. Arrows indicate cells with colocalization of EYFP and puromycin fluorescence signal. Scale bar, 100 µm. (c) Summary bar graph of puromycin colocalization in EYFP cells expressed as percentage of total EYFP cells (4 independent experiments with 1-2 sections analyzed per experiment, in each group; n = 275 EYFP cells with puromycin co-localization). Figure S2. Intact SOM-IN basal protein synthesis in mice with conditional Rptor knock-out, and unchanged pyramidal cell layer puromycin immunofluorescence after chemical persistent LTP induction. (a) Representative images and summary bar graph (each group 5 independent slice experiments from 5 animals, 1-5 sections analyzed per experiment) of puromycin immunofluorescence in SOM-INs of SOM-EYFP WT and SOM-EYFP-Raptor KO mice, showing no difference of puromycin fluorescence in SOM-INs (sham-treatment) of control and knockout mice. Arrows indicate cells with colocalization of EYFP with puromycin immunofluorescence. Summary bar graph (mean ± SEM; WT 570 cells and Raptor KO 722 cells). (b-c) Representative images and summary bar graphs (each group 3 independent slice experiments from 3 animals, 1-3 sections analyzed per experiment) of puromycin immunofluorescence in the CA1 pyramidal layer of SOM-EYFP WT (b) and SOM-EYFP-Raptor KO (c), showing no difference in puromycin fluorescence following chemical persistent LTP induction. Summary bar graph (mean ± SEM; number of fields of view for WT, Sham 53 and DHPG 88; for Raptor-KO, Sham 75 and DHPG 101). Scale bars, 50 µm. Student’s t-tests, ns not significant
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,023 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,897 | 0,243 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».