Additional file 2 of A small protein coded within the mitochondrial canonical gene nd4 regulates mitochondrial bioenergetics
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Figure S1. Using the PepQuery tool to interrogate spectrums from published proteome datasets. Figure S2. Putative post-translational modifications of MTALTND4. O-Glyc: putative O-glycosylation; P: putative phosphorylation. PTM prediction were done using webservers reviewed by [75], only scores with 80% probabilities were retained. Figure S3. Specificity of the anti-MTALTND4 antibody and detection of putative post-translational modificationsof MTALTND4. A. Complete western blot of the antibody on a cell lysate. B. Specificity of anti-MTALTND4 and PTMs. Deglyc: deglycosylationnon-treated cells,treated cells and fetuin positive control are shown); Dephosphos: dephosphorylationnon-treated cells andtreated cells are shown). C. Apparent molecular weight of MTALTND4 exposed to different concentrations of denaturing agent β-Mercaptoéthanol and different heating times at 95˚C. A = 5 minutes, B = 30 minutes and C = 3 hours. 1 = 0% β-Mercaptoethanol, 2 = 5% β-Mercaptoethanol and 3 = 10% β-Mercaptoethanol. D. Self-association of MTALTND4: 3 µg of synthetic peptide were incubated at 30 °C for 10 min in the presence of 0%, 0.5% and 1% paraformaldehyde, quenched with LSB, separated by tricine-SDS-PAGE and visualized with Coomassie Imperial Protein stain. Arrowheads indicate main cross-linked products. Figure S4. Comparison of MTALTND4 peptide encoded in mitochondrial DNAand hypothetically in nuclear DNA that have been transferred from mtDNAthrough evolution. Only sequences with >50% identities and complete without stop codons are shown. Figure S5. Multiple MTALTND4 peptide sequence alignments. A. In 15 mammal species: human, chimpanzee, bonobo, gorilla, orangutan, mouse, rat, naked mole rat, dog, cow, zebrafish, lion, bear, horse, dolphin. B. In the genus Homo: Homo heidelbergensis; Homo sapiens neanderthalensis; Homo sapiens neanderthalensis; Homo sapiens neanderthalensis; Homo sapiens neanderthalensis; Homo sapiens neanderthalensis; modern human, chimpanzee. *Indicates a stop codon. Figure S6. Endogenous MTALTND4 detected in HeLa cells by mass spectrometry. Unique mass spectrometry MTALTND4-derived peptides detected in HeLa cells lysates. Probabilities = 100%. Figure S7. Effect of MTALTND4 on cell viability. HeLa and HEK-293T cells were cultured in low glucose DMEM with 0.1 µM, 10 µM or 30 µM MTALTND4 peptide or waterfor 24h or 48h and assessed for cell viability using the alamarBlue assay. Figure S8. GST pull-down assay indicating that MTALTND4 and Complement component 1 Q interact. Western blot probed with anti-C1qbp antibodies. Lane 1: pull-down products from GST bound glutathione beads. Lane 2: pull-down products from GST-MTALTND4–bound glutathione beads. Lane 3: HeLa cells lysate. Lane 4: pull-down products from GST bound glutathione beads. Lane 2: pull-down products from GST-MTALTND4–bound glutathione beads. Lane 3: HEK-293T cells lysate. Figure S9. Original uncropped blots for MTALTND4.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,862 | 0,206 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».