Additional file 2 of DNA methylation haplotype block signatures responding to Staphylococcus aureus subclinical mastitis and association with production and health traits
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Supplementary Figure S1. Correlation between gene expression and methylation levels of different genetic regions at a scale of the whole genome. Supplementary Figure S2. Comparison of the global methylation levels of different genetic regions between SAP and HC group. Supplementary Figure S3. Comparison of the global methylation levels of CpG islands (CGI), shores and shelves between SAP and HC groups. Supplementary Figure S4. Comparison of global methylation level of cytosines in the context of CHG and CHH between SAP and HC group. Supplementary Figure S5. Comparison of global methylation level of cytosines in the context of CHG located in CpG islands (CGI), shores and shelves between SAP and HC groups. Supplementary Figure S6. Density of CpG sites in LINE-1 and t-RNA-derived SINEs. Supplementary Figure S7. Summary of identified methylation haplotype blocks (MHBs). Supplementary Figure S8. Identification of differential genes with significant changes in their gene expression level and the general methylation level of first exon (A) and first intron (B). Supplementary Figure S9. de novo identified motifs in GE-dMHBs. Supplementary Figure S10. Boxplots showing the methylation difference of select GE-dMHBs between cows with high or low milk somatic cell count (SCC). Supplementary Figure S11. Boxplots showing the methylation difference of selected GE-dMHBs between cows with high or low milk yield (MY).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,843 | 0,114 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».