Conservation and divergence of canonical and non-canonical imprinting in murids
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Genomic imprinting affects gene expression in a parent-of-origin manner and has a profound impact on complex traits including growth and behavior. While the rat is widely used to model human pathophysiology, few imprinted genes have been identified in this murid. To systematically identify imprinted genes and genomic imprints in the rat, we use low input methods for genome-wide analyses of gene expression and DNA methylation to profile embryonic and extraembryonic tissues at allele-specific resolution. Results We identify 14 and 26 imprinted genes in these tissues, respectively, with 10 of these genes imprinted in both tissues. Comparative analyses with mouse reveal that orthologous imprinted gene expression and associated canonical DNA methylation imprints are conserved in the embryo proper of the Muridae family. However, only 3 paternally expressed imprinted genes are conserved in the extraembryonic tissue of murids, all of which are associated with non-canonical H3K27me3 imprints. The discovery of 8 novel non-canonical imprinted genes unique to the rat is consistent with more rapid evolution of extraembryonic imprinting. Meta-analysis of novel imprinted genes reveals multiple mechanisms by which species-specific imprinted expression may be established, including H3K27me3 deposition in the oocyte, the appearance of ZFP57 binding motifs, and the insertion of endogenous retroviral promoters. Conclusions In summary, we provide an expanded list of imprinted loci in the rat, reveal the extent of conservation of imprinted gene expression, and identify potential mechanisms responsible for the evolution of species-specific imprinting.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».