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Enregistrement W6940041956 · doi:10.6084/m9.figshare.28043019.v1

Pertactin deficiency of <i>Bordetella pertussis</i>: Insights into epidemiology, and perspectives on surveillance and public health impact

2024· article· en· W6940041956 sur OpenAlexaboutno aff

Notice bibliographique

RevueFigshare · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueBacterial Infections and Vaccines
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPertactinPertussis vaccineWhooping coughBordetella pertussisPublic healthVaccinationMEDLINE

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Pertussis resurgence has been documented even in countries with high pediatric vaccine coverage. The proportion of Bordetella pertussis isolates not expressing pertactin (PRN) has increased in several countries where acellular pertussis (aP) vaccines are used. We systematically reviewed published literature up to July 2023 on PRN-negative B. pertussis isolates in MEDLINE and Embase with no geographical limitations, complemented with a gray literature search. An increase in the proportion of PRN-negative isolates was observed in countries where aP vaccines were used, while such isolates seem to be absent in countries using whole-cell pertussis vaccination. We reviewed the data supporting aP vaccine-driven evolution of B. pertussis, explored the effects of PRN deficiency on the clinical presentation of pertussis, summarized the evidence for preserved aP vaccine effectiveness, and proposed actions to further improve assessment of the clinical significance of PRN deficiency and its potential impact on pertussis prevention. The burden of pertussis (whooping cough), once a common cause of morbidity and mortality among children, was greatly reduced by the introduction of pediatric pertussis vaccination. Two types of pertussis vaccines exist: whole-cell pertussis (wP) vaccines, containing inactivated Bordetella pertussis bacteria, and acellular pertussis (aP) vaccines, containing purified antigens. Having lower reactogenicity, aP vaccines have replaced wP vaccines in many developed countries. In other parts of the world, wP vaccines are still used. Over time, the proportion of B. pertussis isolates not expressing pertactin (PRN, a surface antigen involved in virulence and contained in most aP vaccines) increased in countries using aP vaccines, but not in those using only wP vaccines. We performed a systematic literature review to collect data on the epidemiology of PRN-negative B. pertussis isolates identified worldwide. We combined these data with information on the type of pertussis vaccine used in each country and on the year aP vaccines were introduced, to assess if aP vaccine use was associated with a higher proportion of PRN-negative B. pertussis strains. We then selected three countries (Belgium, France, and Canada), for which we present data on pertussis diagnosis, surveillance, epidemiology, pertussis vaccine recommendations, and vaccine coverage, in connection with the PRN-negative B. pertussis data retrieved by our search. We found that the symptoms and severity of pertussis cases appear to be similar regardless of whether they were caused by PRN-negative or PRN-positive strains. There is no evidence of impaired protection by aP vaccines in countries where most circulating B. pertussis strains are PRN-negative.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,007
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,019
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil0,037

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0070,019
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0080,009
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0030,003
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,064
Tête enseignante GPT0,326
Écart entre enseignants0,262 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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