Two decades of molecular surveillance in Senegal reveal rapid changes in known drug resistance mutations over time
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Drug resistance in Plasmodium falciparum is a major threat to malaria control efforts. Pathogen genomic surveillance could be invaluable for monitoring current and emerging parasite drug resistance. Methods Data from two decades (2000–2020) of continuous molecular surveillance of P. falciparum parasites from Senegal were retrospectively examined to assess historical changes in malaria drug resistance mutations. Several known drug resistance markers and their surrounding haplotypes were profiled using a combination of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular surveillance and whole genome sequence based population genomics. Results This dataset was used to track temporal changes in drug resistance markers whose timing correspond to historically significant events such as the withdrawal of chloroquine (CQ) and the introduction of sulfadoxine-pyrimethamine (SP) in 2003. Changes in the mutation frequency at Pfcrt K76T and Pfdhps A437G coinciding with the 2014 introduction of seasonal malaria chemoprevention (SMC) in Senegal were observed. In 2014, the frequency of Pfcrt K76T increased while the frequency of Pfdhps A437G declined. Haplotype-based analyses of Pfcrt K76T showed that this rapid increase was due to a recent selective sweep that started after 2014. Discussion (Conclusion) The rapid increase in Pfcrt K76T is troubling and could be a sign of emerging amodiaquine (AQ) resistance in Senegal. Emerging AQ resistance may threaten the future clinical efficacy of artesunate-amodiaquine (ASAQ) and AQ-dependent SMC chemoprevention. These results highlight the potential of molecular surveillance for detecting rapid changes in parasite populations and stress the need to monitor the effectiveness of AQ as a partner drug for artemisinin-based combination therapy (ACT) and for chemoprevention.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».