<b>Genomic prediction and genetic parameter estimation for unsaturated and saturated fatty acids in Canadian dairy cattle</b>
Notice bibliographique
Résumé
Genomic prediction and genetic parameter estimation for unsaturated and saturated fatty acids in Canadian dairy cattleS. O. Peters1,5*, K. Kizilkaya2, E. M. Ibeagha-Awemu3, and X. Zhao4*1Department of Animal Science, Berry College, Mount Berry, GA 30149 USA.2Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Aydin Adnan Menderes University, Aydin, 09100, Türkiye.3Agriculture and Agri-Food Canada, Sherbrooke Research and Development Centre, 2000 Rue College, Sherbrooke, QC, J1M 0C8 Canada.4Department of Animal Science, McGill University, 21,111 Lakeshore Road, Ste-Anne-De-Bellevue, QC, H9S 3V9 Canada.5Department of Animal and Dairy Science, University of Georgia, Athens, Georgia, United States of America.* Corresponding authors: speters@berry.edu and xin.zhao@mcgill.caThe current study aimed to obtain the estimates of heritabilities and genetic correlations and the prediction abilities and accuracy of Bayesian GBLUP and Bayesian alphabet (BayesA, BayesB, BayesC) models for total and individual monounsaturated, polyunsaturated and saturated fatty acids from Canadian Holstein cows by using genome-wide SNP markers from genotyping-by-sequencing method. The heritability estimates were obtained from Bayesian GBLUP and Bayesian alphabet models. They ranged from 0.61 to 0.67 for total monounsaturated, from 0.35 to 0.45 for polyunsaturated and from 0.51 to 0.60 for saturated fatty acids, respectively. For thirty-three individual monounsaturated, polyunsaturated and saturated fatty acids, the heritability estimates ranged from 0.27 to 0.69 for individual monounsaturated, from 0.27 to 0.68 for individual polyunsaturated and from 0.35 to 0.69 for individual saturated fatty acids. These results indicated that total and individual monounsaturated, polyunsaturated and saturated fatty acids were under moderate genetic control and can be improved through genomic selection. The estimates of genetic correlations among total and individual monounsaturated, polyunsaturated and saturated fatty acids showed a moderate to high genetic relationships and pointed out the need for consideration of genetic relationships in successful genomic selection for fatty acids traits. The accuracies of BayesC and BayesA models were similar and better than that of GBLUP and BayesB models which indicated that fatty acids were determined by many genes having non-null effects, which are assumed to follow a univariate or multivariate Student’s t distribution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».