Additional file 2 of Distinct cervical tissue-adherent and luminal microbiome communities correlate with mucosal host gene expression and protein levels in Kenyan sex workers
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Supplementary Table 1. Total relative abundance, alpha diversity,definition of bacterial communities in the samples, positive controls and ASV count tables luminal and tissue. Supplementary Table 2. Sociodemographic and clinical characteristics per study participant. Supplementary Table 3. Metabolic profile of the luminal microbiome. Supplementary Table 4. Sociodemographic and clinical characteristics of study participants included in the transcriptomic profiling at time of tissue sample collection, grouped based on their tissue microbiome. Supplementary Table 5. Differentially expressed genes between the luminal study groups. Supplementary Table 6. Pathway enrichment analysis for the differentially expressed genes across the luminal samples. Supplementary Table 7. Pathway enrichment analysis for the differentially expressed genes by pairwise comparisons between the luminal samples. Supplementary Table 8. Transcription factor protein-protein interaction (TF-PPI) network analysis by pairwise comparisons between the luminal samples. Supplementary Table 9. Differentially expressed genes between the tissue study groups. Supplementary Table 10. Pathway enrichment analysis for the differentially expressed genes across the tissue samples. Supplementary Table 11. Pathway enrichment analysis for the differentially expressed genes by pairwise comparisons between the tissue samples. Supplementary Table 12. Transcription factor protein-protein interaction (TF-PPI) network analysis by pairwise comparisons between the tissue samples. Supplementary Table 13. Differentially expressed genes and pathway enrichment analysis for the comparison of sample groups defined as L2T2 and L2T3. Supplementary Table 14. Characterization of proteins and antibodies included in the protein profiling assay, cytokine data and cytokine results. Supplementary Table 15. Sociodemographic and clinical characteristics of study participants included in the protein profiling at time of luminal sample collection. Supplementary Table 16. Comparisons of protein levels between the luminal study groups. Supplementary Table 17. Comparisons of protein levels between the tissue study groups.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,022 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,834 | 0,096 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».