Figure 3 from: Gaite PLA, Aala, Jr. WF, Bacus MG, Labrador CC, Numeron AMM, Gamalo LED, Murao LAE (2022) The first complete mitochondrial genome sequence of Cynopterus brachyotis (Chiroptera, Pteropodidae) from the Philippines. Biodiversity Data Journal 10: e72768. https://doi.org/10.3897/BDJ.10.e72768
Notice bibliographique
Résumé
Figure 3 Maximum Likelihood phylogeny of fruit bat A) CO1 and B) cytb gene obtained from GenBank. The tree was generated using MEGA 7 with 1000 bootstrap replicates. For the CO1 gene, a multiple sequence alignment of 1,533 bp was used for the phylogenetic analysis using the Maximum-Likelihood method with the HKY+G+I model in MEGA 7 with 1000 bootstrap replicates. For the cytb gene, a multiple sequence alignment of 1,134 bp was used for the phylogenetic analysis using the Maximum-Likelihood method with the GTR+G+I model in MEGA 7 with 1000 bootstrap replicates. The scale bar denotes the number of substitutions per site which is reflected in the branch lengths (i.e. 0.5 value means 5 nucleotide changes for every 10 nucleotides). Bootstrap values for clade support are written on the nodes of the branches. An outgroup consisting of fish mitogenomes was included in the phylogenetic tree inference.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,909 | 0,738 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».