Analysis of Protein Kinase D1’s role during reactive oxygen species-mediated signaling
Notice bibliographique
Résumé
Protein Kinase D1 (PKD1) is a critical component of cellular responses to reactive oxygen species (ROS)-mediated apoptosis. Previous studies demonstrated that upon oxidative stress, PKD1 is activated through a signaling pathway mediated by the Src/Abl non-receptor tyrosine kinases. Subsequently, PKD1’s translocation to different cellular compartments can regulate gene expression and promote cell survival through the NF-kB signaling pathway. Additionally, PKD1 deficiency increases ROS sensitivity in mouse embryonic fibroblasts (MEFs), leading to mitochondrial membrane depolarization and apoptosis when exposed to oxidative stress. Our study examined PKD1’s protective role against oxidative stress-induced apoptosis and its impact on gene expression. Using wild-type (WT) and PKD1-deficient (PKD1-/-) MEFs, we found that the absence of PKD1 significantly increases oxidative stressinduced apoptosis, as evidenced by H₂O₂ stimulation and serum starvation experiments. To better understand the molecular mechanisms underlying PKD1's protective function, RNASeq analysis was performed, comparing gene expression levels between WT and PKD1-/- MEFs. RNA-Seq analysis revealed differentially expressed genes (DEGs) between WT and PKD1-/- genotypes, with 383 DEGs in primary and 1705 DEGs in immortalized MEFs. Notably, BCL2L11 (BIM), a pro-apoptotic protein, was more than two-fold down-regulated in both primary and immortalized PKD1-/- MEFs, suggesting its interaction with PKD1 on the mitochondrial outer membrane through the mitochondrial apoptosis pathway. In addition, KEGG pathway analysis highlighted enriched differentially expressed pathways, including those associated with apoptosis, cell survival, and response to oxidative stress. This study sheds light on how PKD1 defends against oxidative stress and influences gene expression, potentially contributing to the development of treatments for oxidative stress-linked diseases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».