Gene expression data of Sinorhizobium meliloti-alfalfa initiation of symbiosis
Notice bibliographique
Résumé
Rhizobia are ecologically important, facultative plant symbiotic microbes. In nature there exists large variability in the association of rhizobial strains and host plants of the same species. Here, we evaluated whether plant and rhizobial genotypes influence the initial transcriptional response of rhizobium following perception of host plant. RNA-sequencing of the model rhizobium Sinorhizobium meliloti exposed to root exudates or luteolin was performed in a combination of three S. meliloti strains and three Medicago sativa varieties. The response to root exudates involved hundreds of changes in the rhizobium transcriptome. Of the differentially expressed genes, expression of 35% were influenced by strain genotype, 16% by the plant genotype, and 29% by strain x host plant genotype interactions. We also examined the response of a hybrid S. meliloti strain, in which the symbiotic megaplasmid (~ 20% of the genome) was mobilized between two of the above-mentioned strains. Dozens of genes were up-regulated in the hybrid strain, indicative of nonadditive variation in the transcriptome. In conclusion, this study demonstrated that transcriptional responses of rhizobia upon perception of legumes is influenced by the genotypes of both symbiotic partners, and their interaction, a wide spectrum of genetic determinants involved in the phenotypic variation of plant-rhizobium symbiosis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».